洁身自好

建武年间，诸王长成，都招引宾客。因为樊鯈是外戚，诸王都争相邀请他。但樊鯈洁身自好，不和诸王有所结交。等到沛王刘辅的事情败露后，许多贵族子弟都被拘捕，樊鯈不是诸王的宾客，免受连累。汉光武帝去世后，樊鯈担任复土校尉。

制定礼仪

汉明帝永平元年，樊鯈被任命为长水校尉，和公卿一起制订郊祠礼仪，用谶记纠正《五经》中不同的说法。北海郡的周泽、琅邪郡的承宫都是国内著名的儒者。樊鯈都把他们当作自己的良师益友，并把他们聘请朝廷上来。樊鯈向朝廷建议，现在各郡、国推举孝廉，大多只选取那些年纪轻、能向推荐者报答恩德的人，年纪很大而贤良的人都不被举荐，朝廷应该下令各郡国推举选拔贤良优秀的人。又建议执行死刑，应该等待秋季，以顺应四时气候的变化。汉明帝都接受了他的建议。

正直无私

永平二年，朝廷把寿张国加给东平王，徙封樊鯈为燕侯。后来，广陵王刘荆有罪，汉明帝念及广陵王刘荆和自己是兄弟关系，内心特别悲伤惋惜，下诏樊鯈和羽林左监任隗一起审理刘荆的案情。事情办完后，樊鯈向朝廷奏请诛杀广陵王刘荆。汉明帝在宣明殿引见樊鯈，特别生气地说：“诸位看在广陵王刘荆是皇弟的缘故，就想杀了他，假使是我儿子，你们敢这样吗？”樊鯈仰起头回答说：“天下是汉高帝的天下，不是陛下的天下。《春秋》的义理上说，国君的亲属不要做篡夺杀戮的事情？如果做了，国君应杀掉他们。因此，周公杀掉自己的弟弟，鲁国季友用毒酒杀死哥哥，经传都赞扬他们的行为。广陵王刘荆是陛下的胞弟，陛下特别关心和怜悯，所以才敢向你奏请。如果他是陛下的儿子，我们用不着向你奏请，就把他杀了。”汉明帝叹息了很久。此后，樊鯈更加闻名天下。

劝谏兄弟

后来，樊鯈的弟弟樊鲔替自己的儿子樊赏向楚王刘英请求，想让楚王刘英的女儿敬乡公主嫁给樊赏。樊鯈听说了，马上就制止樊鲔的做法，说：“建武年代，樊家备受荣誉和朝廷的宠爱，一门之内出了五个侯王。当时，父亲凭借荣耀官位只要说一句话，就可以使自己的女儿嫁给皇帝的儿子，儿子尚配皇帝的公主。但因为贵宠太盛，就是祸患，所以不这样做。况且你只有一个儿子，怎么能把他抛向楚王刘英呢？”樊鲔不接受樊鯈的建议。

晚年生活

永平十年，樊鯈去世，朝廷赠送他家办丧事的财物特别多，谥号哀侯。