早期经历

朱云，身高八尺有余，仪容伟岸，以勇力闻名。年轻时的时候喜欢结交游侠，借助宾客为自己报仇。一直到四十岁的时候，他才改变行节，跟从博士白子友学习《易经》，又师从前将军萧望之学习《论语》，无论是学习《易经》，还是学习《论语》，他都能传承师业。他洒脱不羁而能守大节，世人因此很尊重他。

汉元帝时，代理华阴县丞嘉向皇帝上呈密封的奏章，说： “治理的办法在于得到贤才，御史大夫是副宰相，位在九卿之上，不能不挑选。平陵人朱云，文武兼备，忠正而有智略，可以让他以六百石的官秩试任御史大夫，以尽其能。”元帝就此事征询公卿大臣的意见。太子少傅匡衡在对策中认为：“大臣是国家的股肱，是万民瞻仰的对象，圣明的君王都慎重地选择。古书上说，下民轻视大官，卑贱的人图谋成为掌权大臣，就会使国家动摇而人民不安宁啊．如今嘉从代理县丞而图谋大臣之位，想让一个平民超升在九卿之上，这不是重视国家、尊崇江山社稷的做法．从尧选拔舜，到周文王重用姜太公，尚且试用之后才委以高官厚爵，又何况朱云之类的人呢?朱云一向喜欢勇武，多次犯法逃命，学习《周易》虽然很有水平，但他的德行仁义并没有什么为人称道的特异之处，御史大夫贡禹廉洁纯正，通晓经术，有伯夷、史鱼的风范，天下没有不知道的，可是嘉却曲意称颂朱云，想让他担任御史大夫，妄加称颂举荐，恐怕怀有奸邪的想法，这种欺诈行为不能助长，应交给有关官员审讯查验，弄明白他的用心。”朱云没有被重用，嘉还因此获罪。

当朝辩经

当时，少府（官名，九卿之一）五鹿充宗很得汉元帝的宠信，他出身显贵，而且治学《梁丘易》。汉宣帝在位时就赞赏梁丘氏的《易经》解说，汉元帝也很喜好其解说，他想考辩梁丘氏与其他各家《易经》解说的异同，就命令五鹿充宗与《易经》其他各家辩论。因为五鹿充宗深得皇帝的宠信，而且能言善辩，诸儒不能与他相抗衡，都借口有病不敢与会。这时有人推荐朱云，汉元帝就把朱云召入朝中，让他与五鹿充宗辩论。朱云一点也不惧怕五鹿充宗，他提衣登堂，昂首提问，声音高吭，震动左右。双方开始辩论以后，他接连驳倒五鹿充宗，完胜对手。所以诸儒为他编了一句词儿：“五鹿高又高，朱云折其角。”

被诬治罪

朱云因为驳倒了五鹿充宗，被任命为博士，后迁为杜陵县（今西安市雁塔区曲江乡）县令，后因故意放走逃亡的人而获罪，碰上皇帝大赦，被荐举为方正，做了槐里县县令。当时中书令石显专权，与五鹿充宗结成同党，朝中百官都害怕他们。只有御史中丞陈咸年轻而坚持高尚的志节，不依附石显等人，而与朱云相交。朱云多次上疏，说丞相韦玄成安身保位，不能有所进退，而陈咸多次抨击石显。过了很久，有关官员拷问朱云，怀疑他暗中唆使差吏杀人。群臣朝见时，元帝向丞相韦玄成询问朱云治理政务的成绩。韦玄成说朱云暴虐没有善政。当时陈咸在旁边，听见了韦玄成说的话，把它告诉了朱云。朱云上书为自己辩护，陈咸替他起草奏章草稿，请求皇帝批准将此事交给御史中丞处理。结果，皇帝把这件事交给了丞相办理，丞相韦玄成布置属吏拷问朱云，将朱云定为杀人罪。朱云逃入长安，又找陈咸商议对策。丞相韦玄成全部查清了这些事，奏告皇上说：“陈咸身为宿卫皇宫、执掌法令的大臣，有幸得以进见皇上，却泄露所听到的话，私自告诉朱云，还替朱云起草奏章草稿，想使皇上让他处理朱云的案件，后来明知朱云是亡命的罪人，却和他相勾结，因此官吏抓不到朱云。”皇上于是下令把陈咸、朱云关进监狱，判了减死为城旦（服五年兵役，夜里筑长城，白天防敌寇站岗）的刑罚。陈咸、朱云就被废黜禁锢，一直到汉元帝去世。

归乡闲居

汉成帝时，朱云求见皇帝，当廷弹劾成帝的老师张禹，惹得震怒，险被治罪，在辛庆忌的极力争取之后下才留得性命，朱云从此后就不再做官，常居住在户县（今陕西省西安市户县）的颖村中，有时带领着学生们乘牛车出来，所探访的人都对他很敬重。薛宣为丞相，朱云前往拜见。薛宣以宾主之礼相待，并趁机挽留朱云住宿，很随便地对朱云说：“您在田野间也没有事，暂且留在我的东阁中，可以看看天下的奇士。”朱云说：“小生想把我当成你的属吏么？”薛宣就不敢再提这事。

朱云传授学业，挑选学生，选众人中好的然后收为弟子。九江郡人严望及侄子严元，能传承朱云所学，都成为博士。

简朴入葬

朱云七十多岁的时候，在家中去世。他病重时不请医不喝药。临终嘱咐用身上的便服入殓，棺木只须容身，墓穴只须容棺即可。家人只造个一丈五尺的小坟，把他埋葬在平陵东郭之外。