贝琼性坦率,不事边幅,专心好学,博通经史百家。四十八岁时,始领乡荐。张士诚屡次征召不到。洪武二年(1369),聘修《元史》。书成,受赐归。洪武六年(1373),以儒士得到举荐,任国子助教。贝琼曾感慨古乐不作,作《大韶赋》以表明志向。时任国子司业的宋濂建议立四学,并祀舜、禹、汤、文(周文王)为先圣。明太祖没有采纳他们的说法,贝琼又作《释奠解》反驳,识者大多赞同贝琼的建议。与美和、铉齐名,时称“成均三助”。洪武九年(1376),改任中都国子助教,教导勋臣子弟。洪武十一年(1378),致仕。洪武十二年(1379),去世。