南齐建武四年（497年），萧子云受封新浦县侯。南梁天监初年，降爵为县子。萧子云从小勤奋学习，文采过人。30岁任秘书郎，后迁太子舍人，著《东宫新记》。累迁北中郎外兵参军、晋安王文学、司徒主簿、丹阳尹丞，北中郎庐陵王谘议参军，兼尚书左丞。
大通元年（527年），除黄门郎，俄迁轻车将军，兼司徒左长史。二年，入为吏部。三年，迁长兼侍中。中大通元年（529年），转太府卿。三年，出为贞威将军、临川内史。还除散骑常侍，俄复为侍中。
大同二年（536年），迁员外散骑常侍、国子祭酒，领南徐州大中正。顷之，复为侍中，祭酒、中正如故。七年，出为仁威将军、东阳太守。中大同元年（546年），还拜宗正卿。太清元年（547年），复为侍中、国子祭酒，领南徐州大中正。侯景之乱时，东逃晋陵郡（治所在今江苏省常州市），饿死于显云寺僧房，年六十三岁。
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