诛讨叛乱
萧孝穆洁身谨慎，谨守礼仪法度。统和二十八年（1010年），累次升迁至西北路招讨都监。开泰元年（1012年），遥授建雄军节度使，加任检校太保。同年，术烈等发动叛乱，萧孝穆攻打并赶走他们。同年冬天，进军可敦城。阻卜勾结五群牧长查剌、阿睹等，阴谋内外互相策应，萧孝穆将叛乱者全部杀死，于是严整守备以待，余党于是溃散。因功升任九水诸部安抚使。不久担任北府宰相，赐号为忠穆熙霸功臣，加任检校太师、同政事门下平章事。开泰八年（1019年），回到京师。
平定辽东
太平二年（1022年），主持枢密院事务，充任汉人行宫都部署。太平三年（1023年），封为燕王，担任南京留守、兵马都总管。太平九年（1029年），大延琳在东京叛乱，萧孝穆担任都统讨伐大延琳，双方在蒲水交战。中军向后略退，副部署萧匹敌、都监萧蒲奴从两翼夹击，敌兵溃散，追击到手山北部将其击败。大延琳逃入城中，掘深沟自卫。萧孝穆将其包围，建起重城，修造楼橹，使城内外不得相通，城中人拆毁房屋用以烧火做饭。其将杨详世等擒获大延琳前来投降，辽东全部平定。萧孝穆改任为东京留守，赐号佐国功臣。萧孝穆在任东京留守期间，为政致力于宽厚简约，招抚流民，百姓得到安宁。
均税谏帝
景福元年（1031年），辽兴宗耶律宗真即位，改封萧孝穆为秦王，不久又任南京留守。重熙六年（1037年），进封为吴国王，担任北院枢密使。重熙八年（1039年），萧孝穆上表请登记天下户口以平均徭役，又陈说诸部及舍利军的益处和害处。辽兴宗同意。由此征收赋税稍稍平均了一些，众人大悦。重熙九年（1040年），改封为楚王。
当时天下无事，人口增殖，辽兴宗又青春鼎盛，每每谈及后周夺取十县，总是感慨愤激，有南伐之志。群臣大多顺从旨意。萧孝穆劝谏说：“从前辽太祖南伐，最终无功。辽太宗灭唐立晋，后因石重贵叛盟，长驱直入汴京，辽太宗刚刚回师，南方反过来突袭我们。从此以后兵连祸结达二十余年，刚刚得到和好，百姓安居乐业，南北互通有无。现在国家比起往日，尽管变得富强，然而功臣、老将往往已经过世。何况宋人无罪，陛下不应该背弃先帝所订立的盟约。”当时辽兴宗心意已决，奏书上达没有回音。萧孝穆以年老请求辞官回乡，辽兴宗不许。
重熙十二年（1043年）正月初三日，萧孝穆任南院枢密使。六月二十一日，又任北院枢密使，改封为齐国王。十月初五日，萧孝穆去世，追赠大丞相、晋国王，谥号贞。
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