太平兴国八年，选尚太宗第四女蔡国公主，授左卫将军、驸马都尉。明年正月，领爱州刺史。是冬，领本州团练使。雍熙三年，有事北边，元扆表求试剧郡，命知郓州。逾年召入，寻知河阳。还朝，改鄯州观察使。特诏朝会序班次节度使，奉禄赐予悉增之。再知河阳。淳化元年，以主疾召还。主薨，复遣之任。五年，秋霖河溢，奔注沟洫，城垒将坏，元扆躬涉泥滓，督工补塞。民多构木树杪以避水，元扆命济以舟楫，设饼饵以食。时澶、陕悉罹水灾，元扆所部赖以获安。

真宗即位，换安州观察使，俄知澶州。咸平三年，转运使刘锡上其治状，诏书嘉奖，迁宁国军留后、知定州。时王超、王继忠领兵逾唐河，与辽人战，元扆度其必败，乃急发州兵护河桥。既而超辈果败，辽人乘之，至桥，见阵兵甚盛，遂引去。考满，吏民诣阙贡马，疏其善政十事，愿借留树碑，表其德政。诏褒之。属岁旱，吏白召巫以土龙请雨。元扆曰：“巫本妖民，龙止兽也，安能格天？惟精诚可以动天。”乃集道人设坛，洁斋三日，百拜祈祷，澍雨沾洽。

景德三年代归，拜武胜军节度。三年，以陵域积水，议堙掘沟涧，命为修诸陵都部署，以内侍副都知阎承翰副之。出知潞州。初，并、代、泽、潞皆分辖戍卒，后并于太原。至是，以元扆临镇，遂分领泽、潞、晋、绛、磁、隰、威胜七州军戎事，委元扆专总之。东封，表求扈从，命祀青帝。礼毕，加检校太傅、知徐州。大中祥符四年，以祀汾阴恩，改领山南东道。五月，制书下，元扆被疾卒，年五十。赠中书令，谥忠惠。子弟进秩者五人。五年，葬元扆，时上元欲观灯，帝为移次夕。

元扆性谨让，在藩镇有忧民心，待宾佐以礼。喜读《春秋左氏》，声色狗马，一不介意。所得禄赐，即给亲族孤贫者。将赴徐州，请对言：“臣族属至多，其堪禄仕者皆为表荐，余皆均奉赡之。”公主有乳媪，得入参宫禁，元扆虑其去后妄有请托，白上拒之。真宗深所嘉叹，于帝婿中独称其贤。及殁，甚悼惜之。且以元扆得疾，本州不以闻，诏劾其官属。子守礼，至六宅使、澄州刺史，以帝甥特赠和州防御使；守严，至内殿崇班，天禧中，录守严子承嗣、承绪并为殿直；守良为内殿崇班；守让阁门祗候。