王慧龙自幼即极聪慧。王家遭灭门之祸时,王慧龙年仅14岁,赖家人僧彬藏赢匿,得免一死。事后不久,僧彬携王慧龙逃出建康(今南京),渡江西到江陵,投奔王慧龙的叔祖父王忱旧部、荆州前中从事习辟疆。
当时恰逢荆州刺史魏咏之死去,习辟疆与江陵县令罗修,前别驾刘期公,地方豪强王腾等谋举兵反叛,共推王慧龙为盟主,聚集兵马,准备夺取荆州城。然此时刘裕得知魏咏之死讯,亦担心江陵有变,急遣其弟刘道规坐镇荆州,王慧龙等的计划未能实现。
于是罗修匆匆带了王慧龙与僧彬一道北上襄阳(今湖北襄阳县),得雍州刺史(治襄阳)鲁宗之资助,渡江自虎牢(今河南汜水县)投奔至后秦姚兴军中。
东晋义熙十三年(417年),刘裕灭后秦姚泓,王慧龙再次亡命出逃,来到北魏。
王慧龙初到北魏并不得志。他以身家不幸痛陈于明元帝拓跋嗣,请效力南讨。可拓跋嗣尽管很同情他的遭遇,表示“朕方混一车书,席卷吴会,卿情计如此,岂不能相资以众乎。”但并未任用他。北魏泰常八年(423年),拓跋嗣统兵南征,夺得刘宋司州 (治洛阳)全部,兖州(治滑台,今河南滑县)、豫州(治睢阳,侨治今安徽寿县)大部,北魏在黄河以南取得许多州镇,确立了南北朝对立的形势。拓跋嗣起用王慧龙为洛城镇将,要他率3千兵马去镇守金墉城(今洛阳县东)。王慧龙踌躇满志,准备走马上任。不料拓跋嗣突然死去,太武帝拓跋焘即位,以为“南人不宜委以师旅之任”,收回拓跋嗣成命,王慧龙只好继续在家赋闲。时间长了,拓跋焘觉得总应有个安排,便任命王慧龙为乐安王拓跋范师傅,兼并、荆、扬三州大中正,负责三州官吏的考选事务。王慧龙坚辞不受,并表示愿去南部边陲效力,于是拓跋焘改任他为南蛮校尉,安南大将军左长史。至此,王慧龙总算有了复仇机会。