封王南渡
元康年间（291年－299年），司马宗受封南顿县侯，不久进封南顿公。八王之乱中，司马宗于征讨刘乔的战斗中有战功，进封南顿王，增加食邑五千户，加上以前的食邑共一万户，并升任征虏将军。
司马宗与兄长西阳王司马羕一起从中原渡过长江。琅琊王司马睿秉承皇帝旨意便宜行事时，授任司马宗为散骑常侍。晋愍帝司马邺当时在西都长安，任命司马宗为平东将军。司马睿即皇帝位后，授任司马宗为抚军将军，兼任左将军。
受帝信任
永昌元年（322年），司马睿去世，其子晋明帝司马绍即位。晋明帝即位后，加任司马宗为长水校尉，后改任左卫将军。司马宗与虞胤都受到晋明帝的亲近，晋明帝把禁军交给他们负责。
司马宗与王导、庾亮志向兴趣不同，联结豪侠，用来作为自己的心腹，王导、庾亮都对此颇有微词。晋明帝念及司马宗是皇亲贵戚，常常予以宽容。晋明帝病情加重，司马宗、虞胤密谋作乱。庾亮冲门而入，靠近御床，流泪告诉晋明帝。晋明帝有所醒悟。
谋反被杀
太宁三年（325年）闰八月，晋明帝去世，其子晋成帝司马衍即位。同年九月，晋成帝以司马宗为骠骑将军，虞胤为大宗正。司马宗失去权位，怨恨流露于言语神色。
咸和元年（326年）十月，御史中丞钟雅弹劾司马宗谋反，庾亮派右卫将军、从事中郎赵胤收捕司马宗。司马宗率兵抵抗，被赵胤所杀，朝廷贬其家族改为马氏，流徙司马宗的妻子儿女到晋安郡，不久赦免他们。咸康年间（335年-342年），恢复其宗族谱籍。
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