封王任职
司马纮起初受封爵位为唐邑县公。建兴五年（317年），晋王司马睿秉承皇帝旨意行事，将司马纮出继给高密王司马据为后嗣。
建武二年（318年），晋王司马睿正式即皇帝位，是为晋元帝。晋元帝即位后，任命司马纮为散骑侍郎。后来，司马纮升任翊军校尉、前将军。
咸和三年（328年），发生苏峻之乱，司马纮的兄弟彭城王司马雄因投奔苏峻，在苏峻之乱平定后获罪被杀。
咸和四年（329年）三月十六日，司马纮恢复为自己宗族的后嗣，袭封彭城王的爵位。并担任国子祭酒，加任散骑常侍，不久升任大宗正、秘书监。
咸和五年（330年）九月初十日，朝廷封司马纮的次子司马俊（一作司马浚）为高密王，出继为高密孝王司马略的后嗣。
患有疯病
司马纮患有疯病，情绪理智经常不能控制。有时想上疏陈奏事情，展示在公卿之前。有时又闭门谦让，退还印章冠饰，编著《杜门赋》来表达他的志向。因此改任光禄大夫，兼任大宗师，散骑常侍的职位依旧。
后来司马纮病重，放纵无度，有时攻击掠取军寺，有时伤害官属，恶语伤人，诽谤上下。又乘车冲入端门，直到太极殿前。于是御史中丞车灌上奏弹劾司马纮，请求免去司马纮的官职，送他到所封国严加防范约束。晋成帝司马衍下诏说：“彭城王凭着美德又是有才的亲属，官居宗师的要位，应该广布道义修养德行，使他的操行清静专一。而近来屡屡游荡烦劳，冒风履尘。应命令府吏以下，各自根据职责侍奉护卫，不能让彭城王再有这类烦劳。内外机构，各自慎重对待职掌。彭城王可以免去散骑常侍、光禄大夫、大宗师之职，先前所给的车牛可以收回，赐给米布床帐用于养病。”
咸康八年（342年）八月十七日，司马纮去世，朝廷追赠他为散骑常侍、金紫光禄大夫。
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