秦蕙田是宋代著名诗人秦观的二十六代孙。祖父秦松龄，字汉石，是顺治十二年（1655）进士。父亲秦道然，字雒生，是康熙四十八年的进士，官至礼部给事中。秦道然与允蘟是好朋友，就作了王府总管。雍正帝将允蘟发往西宁，斥责说：“你府中管事头领，什么人不能用，而偏偏用汉人给事中秦道然。”秦道然也被随之流放，后来又被囚禁入狱。乾隆元年（1736），秦蕙田获一甲第三名进士及第后，上奏陈情，看在他的父亲已经80 岁，风烛残年且病重不能自主，是个垂死之人，秦蕙田自愿以捐弃功名，被罢免官职，来赎父亲的罪过，请将老父释放回家。乾隆帝就放了秦道然，但并未夺去秦蕙田的功名。他的父亲因此得以回家，安度余生。

秦蕙田“少承家学，以经术笃行，为江阴杨名时所知。”年幼时就研究、学习礼书。雍正二年（1724）他开始与本地的几位知己，共同收集、探讨各种有关礼经的注释。

乾隆元年，秦蕙田经乡、会试后，获丙辰科探花，授翰林院编修。“是科为今上登极首科，故馆选独多。其名臣如大学士蔡新、尚书秦蕙田……等，名臣皆出其中，可谓盛矣。”他是所选六十七名庶吉士中的一人。乾隆三年，秦蕙田出任顺天乡试同考官。乾隆六年，再次出任顺天乡试同考官。这一年他39 岁，已经食俸三年三个月，官任翰林院编修。乾隆七年，秦蕙田又出任会试同考官。乾隆八年（1743），授翰林院内阁学士。乾隆九年，乾隆帝驾临翰林院赐宴演乐，御制五律“车壁图书府”字为韵得“东”字音。敕群臣分韵应赋。秦蕙田以学士应赋。

乾隆十年，秦蕙田出任礼部侍郎。父丧，丁忧在家。乾隆十二年，为父守丧期间，开始重读《读礼通考》，使他重温幼时研习礼书的旧业，开始整理昔日收藏的注释，加以完善，增补了《读礼通考》，完成了这部包括各种礼制的著作。乾隆十三年（1748）秦蕙田服阙，官复原职，仍任礼部侍郎。乾隆二十二年（1757），调职刑部，出任刑部尚书，兼领工部。第二年，皇帝恩赏秦蕙田加太子太保衔。乾隆二十五年（1760）出任会试主考官。乾隆二十六年（1761）在增补《读礼通考》的基础上，历经三十八年，终于写成了《五礼通考》二百六十二卷。书中所言“五礼”系根据《周礼》的说法，所谓“吉礼”是祭祀典礼；“嘉礼”是节日庆典；“宾礼”是宾主之间的礼节；“军礼”是军旅礼节；“凶礼”是天灾人祸（如丧葬类）的哀悼。后来收录在秦蕙田的文集《味经窝类稿》。乾隆二十八年（1763）秦蕙田再次出任会试主考官。

秦蕙田“令西曹最久，遇事沉毅果断，退则闭户著书。所撰《五经通考》凡二百六十二卷，故昆山徐尚书乾学未成之书，岁久佚伪脱辑补缀，历数十年始成而刻之。即卒，谥文恭。”“（秦）蕙田官翰林时，月进札子，原本经术，迨官侍郎。尝举仁和孙灏自代，世服其知人，学者称味经先生，味经（秦）蕙田号也。”秦蕙田家曾享有接待皇帝的荣耀。在无锡惠山秦家拥有一座著名园林，起名“寄畅园”。该园曾作为清圣祖、清高宗两帝的南巡行宫。据《（嘉庆）无锡金匮县志》卷十七封赠中记载：“其祖父（秦松龄）以孙（秦）蕙田赠刑部尚书”。

乾隆二十九年（1764）初夏，秦蕙田以病乞求退休，没得到皇帝的同意。到这一年秋季再次申请，才得到允许。在返回南方的途中，船行至仓州，秦蕙田卒。乾隆皇帝赐谥号文恭。

据《新齐谐》中传说，乾隆三十九年，秦蕙田作为大司寇时，京师有个无赖儿子韩六，殴打父亲致伤，刑部直隶司官拟斩立决，左右侍郎认为受伤并非致命，意欲不斩。秦蕙田以父子名份攸关，理应正法，决定奉旨依议斩首。临刑，由狱司李怀中监斩。三日后，韩六鬼魂忽然附体在李怀中身上，大声喊叫：“诸位大人业已宽恕我死罪，而你却来斩我，我死也不甘，今天前来索取性命。”闻听后，人们都害怕，不过，认为韩六到死也是个糊涂鬼。然而，李怀中竟然死了。后来人们说：“文恭（秦蕙田）过严，（鬼）畏其气焰，故移祸于（李）怀中也。”暗示邪不侵正。

据《淡墨录》中“父子先后同门”中记载：“文恭（秦蕙田）为编修时，充壬戌同考官，先石亭公出其门下；后公为刑部尚书，充癸未会试总裁，余又以会试第二人出公门，父子先后同门，亦异事也。向例父之房师，而子又出其门者，应用门下晚生帖，称太老师。有欲认门生者，则以门生与门下晚生两刺并投。而近例禁写门生，抵用光名帖，即门生也，于是以光名刺投。文恭（秦蕙田）曰：‘太老师尊而不亲，仍称老师可也。’时先北路公为涿州牧，领余见文恭（秦蕙田）求训，文恭教以《易》谦卦六爻皆吉，至今佩悔不忘也。”

著有《五礼通考》及关于经学之作为主的《味经窝类稿》文集等。