为官廉洁

孔奋年轻时跟随刘歆学习《春秋左氏传》，刘歆称赞他，对学生说：“我已从孔君鱼那里学到了大道。”

时遭王莽之乱，孔奋与老母亲和幼弟到河西地区躲避兵祸。建武五年（29年），河西将军窦融邀请孔奋来作为自己官署的议曹掾，担任姑臧长官。建武八年（32年），赐爵位为关内侯。当时天下纷扰混乱，唯有河西地区较安定，姑臧被人们称为富县。这里与羌胡通商贸易，每天有四次集市。每一任县官，没有几个月便都富裕起来。孔奋任职四年，财产一点没有增加，侍奉母亲极孝。他自己生活极俭，却寻求珍膳侍奉老母。亲自带着妻子儿女一同以普通饭菜为食。当时天下仍未安定，士大夫都不注重操守，而孔奋却尽力实行清正廉洁，因此被众人所笑，有的人说他身处富庶地区，不能使自己富裕起来，只是徒然自讨苦吃。孔奋注重节操，施政注重仁义平和，太守梁统对他深为敬重，不以官属的礼节对待他，常到大门口迎接，领入内室引见给自己的母亲。

征召入京

陇西和蜀地被平定后，河西地区的太守、县令都被征召入京，官员的财物连车满载，塞满了山川。只有孔奋没有资财，乘一辆空车上路。姑臧的官员百姓以及羌胡都说：“孔君清廉，仁义贤明，全县都蒙受他的恩惠，他如今离去，我们为什么不报答他的恩德！”于是共同凑集了成千上万的牛马器物，追了数百里送给孔奋。孔奋只是拜谢而已，一点都不接受。孔奋抵达京城后，被任命为武都郡丞。

舍亲杀贼

当时陇西残余的贼人隗茂等在深夜攻击官府，残杀郡太守。贼人害怕孔奋穷追不舍，于是抓住他的妻子儿女，企图用他们做人质。孔奋当时年已五十岁，只有一个儿子，但他始终没有顾及，仍尽力征讨。官员、百姓被他的精神所感动，没有不加倍努力与贼人作战的。郡中居住着许多氐族人，熟悉山川道路，氐族大首领齐钟留，深为氐族人信赖。孔奋便率领并勉励齐钟留等人，命他们在要道阻击抄掠贼兵，与官军互相呼应，里应外合，贼人窘迫惶恐，被逼急了就把孔奋的妻子儿女推到阵前，希望孔奋退兵，而孔奋却攻击得更加急迫，终于擒获消灭隗茂等人，但他的妻子和子女却被贼人所杀。光武帝刘秀因此而下诏褒扬赞美他，任命他为武都太守。

受人敬重

孔奋在作府丞的时候，就已经被大家敬重，等到他被任命为太守后，全郡的人没有不改变自己的操守。孔奋施政清明果断，是非分明，嫉恶扬善。见到人有美德，爱之如同亲人；对品行不端的人，则像对待仇人一样，郡中的人都称他清廉公平。孔奋后因病辞官，管理约束乡间，最终在家中去世。

胡汉官民：孔君清廉仁贤，举县蒙恩。

范晔《后汉书》：奋驰单乘，堪驾毁辕。

曾祖父：孔霸，在汉元帝时任侍中。

弟弟：孔奇，著有《春秋左氏删》。

儿子：孔嘉，官至城门校尉，著有《左氏说》。