幼年随祖母吴清芝多时，祖母的勤劳与胆识对她颇有影响。6岁后随父母及祖母在开封、天津、北平等地，于北平师大女附中等校完成小学和中学学习，1938年就读于西南联大中文系，直接受教于朱自清、闻一多、陈寅恪、罗常培、罗庸等老师，1941年毕业。
冯钟芸与家人1941～1943年任西南联大附中语文老师。1943年受聘任教西南联大中文系，是当时联大极少的女教员之一。1945年抗日战争胜利，1946年西南联大完成其历史使命后北上，恢复原清华、北大、南开三校，冯钟芸至清华大学中文系，历任助教、讲师、副教授。1952年全国高校院系调整至北京大学，历任副教授、教授。研究与主讲魏晋南北朝和隋唐时代文学。
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