保护皇后

邓氏是新野的豪强大户，邓奉的叔叔邓晨是刘秀的二姐夫。地皇三年（公元22年），邓晨随同刘演、刘秀兄弟起兵反抗王莽。更始元年（23年）九月，刘秀被更始帝刘玄任命为行司隶校尉，去洛阳修葺宫阙和官府，刘秀让阴丽华回到新野。不久，邓奉起兵，占据淯阳县，阴丽华的哥哥阴识是邓奉的部将，所以阴丽华也前往淯阳，受到邓奉保护。

建武元年（公元25年），刘秀在鄗县（今河北柏乡县）称帝后，派遣侍中傅俊到南阳郡迎接阴丽华。邓奉率部加入汉军，拜辅汉将军、破虏将军。

南阳叛乱

邓奉、汉军交战示意图建武二年（公元26年）八月，南阳郡堵乡县（在堵阳附近，堵阳在今河南方城县东）人董訢聚众作乱，捉住了南阳郡太守刘驎，据城反叛。复阳县人许邯也起兵于杏聚，以声援董訢。刘秀急令大司马吴汉为主将，扬化将军坚镡、右将军万修为副将，率领汉军主力十余万掉头南下，驰援南阳平叛。吴汉虽在军事上节节胜利，连续收复宛城、涅阳、郦县、穰城、新野等地，但是纵容部下掠夺乡民，搞得民怨沸腾。

当时，破虏将军邓奉正好从洛阳请假回新野探亲。见吴汉军队暴行，大怒，率领乡民起义，击败吴汉军队，尽获辎重，屯据老根据地淯阳。

由于物资粮草全部被邓奉洗劫一空，吴汉被迫率部南撤，万修此时病死军中，只剩下坚镡困守宛城。邓奉乘机分兵四处，陆续击破汉军其他各部，很快就控制了南阳郡的大部分地区。不仅如此，他还与周边的延岑的汉中流民军、董訢的南阳流民军、更始政权残部、楚黎王秦丰联合起来，互通声气，结成了联盟。

邓奉起兵虽然是激于义愤，但是背叛了刘秀，也使刚刚平定的南阳郡又陷入兵火之中，不但刘秀不能谅解他，连他的老朋友赵憙也多次写信责备他。

建武二年（公元26年）十一月，为了平息南阳邓奉的叛乱，刘秀再派征南大将军岑彭率领朱祐、贾复、耿弇、汉忠将军王常，武威将军郭守，越骑将军刘宏，偏将军刘嘉、耿植等八员大将共击邓奉、董訢、许邯。

岑彭进入南阳郡境内之后，首先击破了复阳县之杏聚，迫降了许邯，又挥师南下，进兵堵乡，前去围攻董訢。邓奉闻报，亲率一万余人来援，双方激战于堵乡城下。邓奉、董訢的部下，都是南阳郡的精兵，勇猛异常。尤其是邓奉的部下，都是沙场百战之兵，锐不可当。这一仗，汉军大败，建义大将军朱祐被俘。因为朱祐和邓奉及他的叔叔邓晨早年就相识，因此邓奉没有伤害朱祐，反而待如上宾。

经过这场惨败，汉军的锐气遭到了极大的挫伤。从此，岑彭与邓奉在南阳郡境内展开了艰苦的拉锯战，互有胜负，激战了整整七个月。

投降被杀

建武三年（公元27年）三月，在消灭了西线的赤眉军之后，刘秀亲率主力汉军南下征讨邓奉。由于刘秀御驾亲征，汉军士气大振。邓奉战败，从堵乡逃到淯阳，董訢投降。邓奉再败，退至小长安聚。刘秀率诸军紧追。四月，邓奉知道形势已经不可挽回，决定投降。于是，就把朱祐请出来，然后脱掉上衣，光着上身由朱祐押着，一起来到刘秀大营请罪。

刘秀怜悯他是姐夫的侄子，又有保护阴丽华一家的功劳，并且他的叛乱也是吴汉纵兵劫掠引起的，想赦免他。岑彭和耿弇认为应该以此事警戒其他蠢蠢欲动的人，就劝谏道：“邓奉背恩反逆，让大汉的军队在外征战了一年多，叛乱使汉军损失惨重，而且邓奉击伤贾复，生擒朱祐，使汉军威名受损，陛下亲自前来讨伐，他也没有马上投降，直到无力再战才投降，如果不杀了他，就不能宣扬惩治叛乱的决心。”于是刘秀只好下令诛杀邓奉。