文职起家

崔孝芬，字恭梓。早年有才识，博学喜好文章。孝文帝召见，很赞赏他。

司徒、彭城王元勰请求任命崔孝芬为行参军，后崔孝芬拜著作郎，袭父爵。尚书令高肇受到宠信，其子高植任青州刺史，启奏朝廷任命崔孝芬为司马。后崔孝芬拜司徒记室参军、司空属、定州大中正，善于断案，很有名声，府主任城王元澄很器重他。熙平中，元澄上奏地制八条，是崔孝芬参酌决定的。崔孝芬在府中日久，拜龙骧将军、廷尉少卿。

救援荆州

孝昌初，梁武帝萧衍派遣将领裴邃等入寇淮南。朝廷诏令行台郦道元、都督河间王元琛讨伐，二人率军停留在城父，数月不进军。朝廷敕令崔孝芬持节前往军中接应并且催促进军，后来梁军撤退，崔孝芬回朝。荆州刺史李神俊被梁军围攻，朝廷下诏加崔孝芬通直散骑常侍，以本将军为荆州刺史，兼尚书、南道行台，领军司，率诸将支援李神俊，并代替李神俊为荆州刺史。当时，前往荆州的路途遥远难行，而且州郡内各个戍点都被敌军先占据。崔孝芬所统兵少，不能直接前进，于是从弘农堰渠山道南入，派遣弟弟崔孝直率轻兵为前锋，出敌军不意，敌军便奔散，荆州百姓都安居。孝明帝嘉奖慰劳崔孝芬，并赐予马匹及绵绢等物。

免官被诬

后来崔孝芬因为是元乂的同党，与卢同、李奖等人一起被免官，后来又被征召复官。崔孝芬任廷尉的时候，章武王元融因用不正当手段获取财货而被弹劾，崔孝芬从重处罚他。后来元融任都督北讨鲜于修礼。当时崔孝芬的弟弟崔孝演率领宗族，在博陵躲避叛军，后来博陵被叛军攻陷，崔孝演被叛军杀害。元融于是秘密启奏朝廷，指崔孝演加入了叛军。于是朝廷收捕崔孝演全家，崔孝芬携全家逃亡，后来遇到皇帝大赦才平安复出。

击退南梁

孝昌三年，梁军将领成景俊率军进逼彭城，朝廷任命崔孝芬为宁朔将军、员外常侍、兼尚书右丞，为徐州行台。成景俊筑栅造堰，图谋隔断泗水以淹彭城。崔孝芬率大都督李叔仁、柴集等赴战，成景俊等战败退走。朝廷任命崔孝芬为安南将军、光禄大夫、兼尚书，为徐兖行台。

建义初，泰山太守羊侃占据本郡反叛，招引梁军，围逼兖州。朝廷任命崔孝芬为散骑常侍、镇东将军、金紫光禄大夫，仍兼尚书、东道行台。大都督刁宣驰往救援，与行台于晖合军，围攻羊侃。羊侃突围奔往南梁，其余叛党都平定。

勤王有功

永安二年，孝庄帝听闻北海王元颢要进攻洛阳，敕令崔孝芬南赴徐州。元颢于是进军考城，擒获大都督、济阴王元晖业，元颢乘胜直进，派遣其后军都督侯暄驻守梁国城作为后援。崔孝芬率领诸将驰往梁国城包围侯暄，崔孝芬等恐元颢派遣援军来救，于是急攻梁国城，昼夜不息。五天后，侯暄弃城突围，魏军擒斩侯暄，俘虏其兵三千余人。孝庄帝回到洛阳，授崔孝芬西兖州刺史，将军如故。崔孝芬厌倦外任，推辞不上任，于是改拜太常卿。

高欢所杀

普泰元年，南阳太守赵脩延袭据荆州城，囚禁刺史李琰之，招引梁军。朝廷任命崔孝芬为卫将军、荆州刺史，兼尚书、南道行台。又任命崔孝芬都督三荆诸军事、车骑将军、假骠骑将军。崔孝芬已率军出发，又改授崔孝芬散骑常侍、骠骑将军、西兖州刺史。太昌初，崔孝芬兼殿中尚书。不久任车骑大将军、左光禄大夫，仍尚书。后加仪同三司、兼吏部尚书。孝武帝西入关中，高欢至洛阳，崔孝芬与尚书辛雄、刘廞等一同被杀，时年五十岁。籍没其家口，天平中乃免之。

崔孝芬通晓各类文献，有口才善谈论，爱好后辈，终日容貌喜色，讨论古今，时常调笑戏谑，听者都忘了疲倦。崔孝芬著有文章数十篇。有八个儿子。