曹魏景元三年（263年），荀崧出生于名门之家，为荀彧玄孙，荀頵之子。很小时候，堂曾祖父荀顗（荀彧之子）看中他可以光耀门楣。成年后，喜好文学，志趣高雅，与王敦、顾荣、陆机等人结交。后来赵王司马伦任命他相国参军，累官至侍中、中护军。
王弥攻破洛阳，荀崧与百官逃奔到密县。还没有到的时候母亲去世了，他驾车载着母尸与同行的官员失散，被王弥的士兵追上砍成重伤。后来苏醒过来，于是把母亲下葬在密山。丧期结束后，担任襄城太守，进爵舞阳县公。后来，都督荆州江北诸军事、担任平南将军，镇守宛，改封曲陵县公。宛城被杜曾包围，女儿荀灌突围出城请来救兵，成为历史上的一段佳话。
随东晋朝廷渡江后，征拜尚书左仆射，与刁协共定中兴礼仪制度。
苏峻之乱时期，晋成帝被挟持到石头城，荀崧侍奉在成帝身边不曾离开。动乱平息后，晋成帝前往温峤所在的船上，荀崧年老又生重病，却仍然跟随。太宁初年，加散骑常侍，后领太子太傅。以平王敦之功，更封平乐伯。坐使威仪为猛兽所食，免职，累官至右光禄大夫、录尚书事。年老后，依旧不倦学习。
咸和三年（328年），荀崧去世，时年六十七岁。加赠侍中，谥号为“敬”。
升平四年（360年），荀崧改葬，晋穆帝下诏赐钱一百万、布五千匹。
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