司马祐延袭父亲司马矩的爵位。永安年间，跟随晋惠帝于中原与宗族混战，惠帝于长安与洛阳间往复时，司马祐返回自己的封国，再受征南军队八百人，特置四部牙门。永兴初年，司马祐率众归附东海王司马越，讨伐刘乔建功，受拜为扬武将军，获封江夏郡云杜县，并前共获封二万五千户。后来司马越征讨汲桑，留司马祐领兵三千守护许昌，领受仪仗军乐及麾旗。司马越回许昌后，司马祐再次返回封国。永嘉末年，中原发生永嘉之乱，西晋灭亡。司马祐随晋室南渡，助晋元帝建立东晋，成为“五马渡江”其中一人，被任命为军咨祭酒。建武初年，升任镇军将军。太兴末年，领左军将军。太宁年间，进号为卫将军，加封散骑常侍。咸和元年（326年），司马祐逝世，朝廷追赠侍中、特进。谥号为威。
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