黄仁宇1918年生于湖南长沙，父亲黄震白曾加入同盟会当基金成员，但并不是核心人物。
黄仁宇早年在家乡生活，在长沙市第一中学毕业后，1936年入读天津南开大学电机工程系(1936年～1938年)。
由于抗战爆发，黄仁宇决定辍学，加入国军。抗战
期间及战后，曾担任国军下级军官十年；自成都中央军校毕业后(1940年)，任陆军第十四师排长及代理连长。1943年加入驻印军，任新一军上尉参谋。1944年5月曾在缅甸密支那负伤，受颁陆海空军一等奖章。抗战结束，任第三方面及东北保安司令长官司令部少校参谋。1946年参加全国考试后，获保送入美国陆军参谋大学；毕业(1947)后曾任国防部参谋。
1950年以中国驻日代表团少校团员的身份退伍。再度赴美国，于密歇根大学攻读历史，先后获学士学位（1954年），硕士学位（1957年），博士学位（1964年）。曾在南伊利诺伊大学任教，1968～1980年任纽约州立大学NewPaltz分校教授，又曾任哥伦比亚大学访问副教授及哈佛大学东亚研究所研究员。
他自十四五岁起就开始向当地报纸投稿，写作热忱自此从未间断，当时的《湖南日报》副刊，连续登载他写的世界名人传记，每篇都有他自己手描的人物画像；18岁考上天津南开大学；抗战开始，他投笔从戎；战后负笈美国，以34岁的“高龄”从大学三年级读起，先念新闻系，后转至历史系，1954年大学
毕业，其后又在该校继续上研究所，分别于1957年和1964年获得硕士和博士学位；因多年没有新著问世，在62岁时被纽约州立大学纽普兹分校从正教授的职位上解聘。具有戏剧性效果的是，在他被解聘后的第二年，他的屡屡碰壁的《万历十五年》由耶鲁大学出版社印行，并由当时美国名作家厄卜代克（John Updike）在New Yorker杂志撰写书评推荐，1982和1983年该书获得美国国家书卷奖（American BookAwards）历史类好书两次提名。翌年《万历十五年》中文版在北京出版……从此黄仁宇的著作一部接一部地出版，几乎每本都受到热烈追捧，作品普遍受到注目，从早期的英文论著，到后期的中文论著，都有不少学者撰写书评评介，以致一时"黄书走红"，有人开始筹办"黄学研究会"，并申请创办《黄学研究》学术丛刊。
1979年他离开教学岗位，专心写作，先后出版了《万历十五年》、《中国大历史》，以“大历史观”享誉华人学界。2000年1月8日病逝于纽约上州的医院中，享年82岁。
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