嘉靖四十一年（1562）十一月，流寇洗劫兴化府，次年二月又攻陷福建平海卫（今莆田县平海），四出骚扰，成为福建大患。朝廷命俞大猷、戚继光为剿倭总兵官和副总兵官，会同广东总兵刘显剿倭。嘉靖四十二年（1563）四月，俞大猷、刘显合歼驻守在福清的倭寇。同时，戚继光率戚家军由浙江进入福建，与俞、刘并分三路攻平海卫。戚家军由中路首先攻入，刘、俞左右夹击，杀敌2200余人，收复兴化。戚继光因此升为都督同知，代俞大猷任总兵官，俞大猷则被两广总督兼巡抚荐位广东总兵官，负责剿倭。嘉靖四十三年（1564）二月，戚继光再次在仙游、同安、漳浦等地大败倭寇，斩获无数，余寇逃至海上。福建倭患渐次平定。同年六月，俞大猷在惠州海丰，斩杀倭寇1200余人，取得“海丰大捷”，迫降勾结倭寇的潮州大盗吴军及其党羽蓝松山、叶舟楼等。十二月，广东勾结倭寇得盗首邱万里被擒。自此，倭寇受重创而去，侵扰浙闽粤等沿海一带20余年的倭寇之患渐告平息。
戚继光
    戚继光（1528～1587）字元敬，号南塘，山东蓬莱人，出身武将世家，世袭登州卫指挥佥事，后调浙江都司参将。他组建“戚家军”，与抗倭名将俞大猷等协作，平定浙江、福建倭寇，又转战广东，彻底铲除东南沿海倭患。隆庆二年（1568）以都督同知总理蓟门、昌平、保定三镇，在镇16年，使北方防御得以充实巩固，现在山海关以内的北方明长城就是在他的主持下兴建而成的。
戚家军
    嘉靖三十五年91556），戚继光受命镇守宁波、绍兴、台州、金华等地，置身于搞委最前线。鉴于明军兵惰将骄、纪律松弛、战斗力低等弱点，戚继光两上练兵议，并以“杀贼保民”相号召，在嘉靖三十八年（1559）九月亲自到义乌、金华招募素质良好的矿工和农民入伍，经过几个月的精心编制和严格训练，组成了3千多人的新军。随后，戚继光又在台州等地招募渔民，组成水军。新军在戚继光领导下纪律严明，对倭寇英勇作战，对百姓秋毫无犯，屡立战功，战斗力很强，被人们誉为“戚家军”。东南抗倭时，戚家军总兵力约3000～6000人，步炮混合编组，冷热兵器混成编制。镇守蓟门时，兵力达数万人，由独立的骑兵、步兵、车兵等兵种组成，各种管形火器约3040～4220支（门）。嘉靖三十九年（1660）二月初八日，朝臣们在讨论擒获王直之功时，称赞戚继光“督兵有纪”。此后，“戚家军”在东南沿海抗倭战争中英勇善战，师出必胜，威震东南，享誉天下。