正当张居正为明朝的兴盛而从政不倦,他却染病在身,于万历十年(1582)六月死于京师。神宗为之辍朝,追赠上柱国,令四品京卿、锦衣堂上官、司礼太监护柩至江陵安葬,赐谥“文忠”。但为时不久,张居正却受到不公正的待遇。万历十一年三月,神宗下令追夺张居正上柱国、太师爵衔,且削去其谥号,将其子锦衣卫指挥张简修罢职为民。万历十二年四月,神宗又委派司礼监太监张诚与侍郎丘橓等前往江陵籍没张居正家产,张居正长子、礼部主事张敬修,不胜酷刑拷打,被迫自缢死。经首辅申时行、刑部尚书潘季驯等大臣极力劝请,神宗方才略发慈悲,令留空宅一所,田10顷,用以赡养张居正年逾八旬的老母。八月,神宗再次下诏尽削张居正官阶,追夺以前所赐玺书及四代诰命,并且将张居正“罪状”颁示天下。而张居正的弟弟都指挥张居易、儿子编修张嗣修都被发戍乌烟瘴气之地。张居正当权时颁布的一些改革法令也被中止施行。