清顺治二年(1645年)六月，清军再下剃发令，命令十天之内，全国百姓一律剃头，“留头不留发，留发不留头”。这严重伤害汉族百姓的民族感情，于是纷纷起而抗清。其中嘉定人民的抗清反剃发斗争尤为顽强激烈。闰六月十三日，剃发令下，群众开始酝酿反抗。清嘉定知县强制剃发，起义顿时爆发。城郊居民一呼而起，打败来剿清军。人民公推黄淳耀、侯峒曾出面领导抗清。降将李成栋率清兵猛攻，城中居民冒雨奋战，坚守不屈。清军用大炮轰城，始得攻入。侯峒曾投河死，黄淳耀自缢，城中无一人投降。清军忿而屠城，杀两三万余人后弃城而去。此为一屠。次日朱瑛又率众入城，组织抗清，旋败，再遭清兵屠杀。此为二屠。八月十六日明将吴之藩起兵，反攻嘉定，亦败，城内城外又有两万余人被杀,是为三屠。多铎统军占领南京，南明弘光朝廷覆亡。同年六月，南明降臣钱谦益，赵之龙等向多铎献策曰：“吴下民风柔弱，飞檄可定，无须用兵。”清廷乃于六月十五日颁诏书往江南曰：“……削发一事，本朝已相沿成俗，尔等毋得不遵法度。……凡不随本朝制度者，杀无赦。”然而“削发令”一下，所谓“民风柔弱”的江南民众的反抗怒火，却在松山，昆山，苏州，嘉兴，绍兴，江阴等地熊熊燃烧。反抗满清暴行最为惨烈的嘉定，史称“嘉定三屠”。