明太祖“政皆独断”的官制改革，不仅表现于造成皇权的高度集中，更为严重的是为维持这种君主独裁统治而采取的各种极端野蛮落后的镇压手段，到了晚年尤为厉害。他为了“自操威柄”，捕风捉影，屡兴大狱。最著名的有四大案，人称洪武“四狱”。即：洪武九年（1376）的“空印案”，十八年（1385）户部侍郎郭桓的贪污案，此两案虽为惩贪杜弊而起，但株连甚多。影响最大的是洪武十三年（1380）开始的丞相胡惟庸案和二十六年（1393）发生的大将军蓝玉案（史称“胡蓝之狱”），共杀5万余人，内中公、侯近40人。经过这场大屠杀，皇权的直接威胁固然暂时消除了，但一代开国功臣也被诛戮殆尽。
胡惟庸案
    明洪武十三年（1380）正月，朱元璋以“图谋不轨”罪诛左丞相胡惟庸，取消中书省，废除丞相之职，更定六部。胡惟庸，安徽定远人，早年随朱元璋起兵，颇受宠信。他历任多职，于洪武十年晋升左丞相，位居百官之首。随着权势的不断增大，胡惟庸日益骄横跋扈，生杀黜陟同已，培植私党，擅权营私。十三年正月，朱元璋以谋反罪之名诛了胡惟庸、徐宁、涂节等人。为了肃清“逆党”，朱元璋穷追不舍，前后株连杀戮3万余人，其中包括开国功臣李善长等2公、20侯，时间长达10年之久。胡惟庸被杀后，朱元璋废除丞相之职，取消中书省，并规定此后朝廷不得再立丞相。丞相掌管的事务交六部分理，由皇帝直接统领，中央集权得到进一步加强。