自拖雷后裔蒙哥当选蒙古大汗始，窝阔台后裔渐失势，海都即于此时分封至蒙古以西的海押力。蒙哥汗死后，海都支持新汗阿里不哥与忽必烈争夺汗位，终告失败。但海都希冀大汗之位属于窝阔台后代，遂积蓄实力，联合钦察汗国，图谋与忽必烈争夺蒙古帝国大汗宝座。成吉思汗曾经说出，只要窝阔台有一个吃奶的后代，都比其他人优先继承，因此他不断反忽必烈。

有鉴于此，忽必烈遂派察合台后嗣八剌返察合台汗国争夺汗位，企求引起西部诸王内乱，以便其集中精力灭南宋的战争。令忽必烈意外的是，海都虽然与八剌初亦激战，但旋即和好。至元六年（1268年），海都、八剌和钦察汗国君王在塔拉斯河会盟，公开反对忽必烈和伊儿汗国，并商议以海都为盟主。会盟各王指称忽必烈汗已经被汉族同化，言明要对忽必烈用兵以恢复蒙古人的游牧本性。

次年，忽必烈以那木罕为将，在别失八里击败海都。至元十二年（1274年），忽必烈再遣安童辅佐那木罕西征。未料，那木罕部将昔里吉等于次年底发动兵变，将安童抓获后交予海都。不久，八剌死去，海都扶立笃哇任察合台汗国君王，两汗挥师东进蒙古本部。土土哈把他赶出漠北祖宗大帐。

至元二十四年（1286年），海都等同东部乃颜联络，乘忽必烈率领元军主力东去平叛的机会，一度发兵占领和林，但不久即退出。

元成宗大德五年（1301年），海都纠合诸王四十，再度进兵蒙古，最后在和林被元武宗海山击败，于归途中，伤重不治。据扎马剌·哈儿昔记载，海都卒于伊斯兰历701年（1301年9月6日-1302年8月25日），时年六十八岁。