背景
日本太阁（前关白即宰相）丰臣秀吉在1588年基本统一日本后，为了平息国内武士对土地分封不均的不满，在1591年5月决定对外发兵，以获取更多的土地。他在万历19年（1591年）6月，派出使者宗义智通告朝鲜国王宣祖李昖，表示他有意于次年（1592年） 春天假道朝鲜进攻明朝，并请多多包涵与协助，秀吉致书朝鲜国王云：“吾欲假道贵国，超越山海而直入于明国使四百州溶化我俗，以施王政于亿万斯年。” 但朝鲜因久事明朝而拒绝。当时朝鲜八道武备废弛，李昖重文轻武（朝鲜朝廷党派内斗激烈），以致“人不知兵二百余年”，全国300多郡县大多数没有设防。
日本备战
为了侵略朝鲜，丰臣秀吉早在1591年（日本后阳成天皇天正19年、明神宗万历19年、朝鲜宣祖24年）开始进行准备，正月时就已经对各大名下达水军部队兵员的征召动员令：
东起常陆，经南海至四国、九州，北起秋田、坂田至中国，临海各国诸大名领地，每十万石准备大船两艘。各海港每百户出水手十人，乘各国诸大名所建之大船；若有多余，则集中至大阪。秀吉本军所用船只，各国大名每十万石建大船三艘、中船五艘。所需建造费用，由秀吉拨给；各国大名将所需建造费用，以预算表呈报，先拨给一半，待船建造完毕后，再行付清。
水手每人给予两人俸米，其妻子食粮另外给付。军阵中所雇用之下人妻子，亦一律给予食粮。以上所述及之各船舶、水手，皆须于天正20年（1592年）春季时，集中于摄津、播磨、和泉三国各港口。到了同年3月时，亦决定了陆军部队兵员的征召动员令。各国诸大名每万石应征召人数各地不同：
四国、九州600人。中国、纪州500人。畿内400人。骏河、远江、三河、伊豆300人，由此以东，200人。尾张、美浓、伊势、近江350人。若狭、越前、加贺、能登300人。越后、出羽200人
1592年「明神宗万历20年、日本后阳成天皇天正20年（同时于同一年改年号为【文禄】）、朝鲜王朝宣祖25年」3月，丰臣秀吉共调动了军队30万6250人，以15万8700人之陆军部队区分为九个军团渡海至朝鲜作战，以宇喜多秀家为总指挥官。
军团
指挥官
所部兵员
第一军
小西行长
18000人
第二军
加藤清正
22000人
第三军
黑田长政
12000人
第四军
岛津义弘
14500人
第五军
福岛正则
25000人
第六军
小早川隆景
15000人
第七军
毛利辉元
30000人
第八军
宇喜多秀家
11000人
第九军
羽柴秀胜
11000人
再加上九鬼嘉隆率九千二百人水军和七百艘舰船作运输士兵和海战之用。（如下表所示）
将领
官职
所部兵员
九鬼嘉隆
大隅守
1500人
藤堂高虎
佐渡守
2000人
胁坂安治
中务少辅
1500人
加藤嘉明
左马介
750人
来岛康亲
?
700人
菅野正影
?
250人
另外为了补充兵源，命德川家康、前田利家、上杉景胜、蒲生氏乡、伊达政宗将他们的旗下军队集结在肥前名护屋（今佐贺县）作为预备队，共10万5千人。在战略上，采用德川家康的提案，确定了“陆海并进”、“以强凌弱”、“速战速决”的战法；以水军保证陆军的战略物资供应，陆军分三路齐头并进，一举占领朝鲜。
在一切工作准备就绪后，丰臣秀吉以朝鲜拒绝攻明为由，于4月正式开始了对朝鲜的战争。1592年4月12日其第一军团一万八千七百人渡海至对马岛待命。4月13日九军出发之命到达，4月14日侵朝的日军首先于釜山登陆，19天后的5月2日克朝鲜王京汉城，1592年6月15日陷平壤。
朝鲜抗战
面对日军的大举侵略，朝鲜各地的有力乡士自立组织义军，如庆尚道星州的郭再祐于1592年4月21日组织义兵，屡次令安国寺惠琼败战使其无法顺利进入全罗道，甚至在1592年10月10日的第一次晋州城之战中击退细川忠兴和长谷川秀一的大军，人称“天降红衣将军”，还有郑仁弘、孙仁甲、金沔等也令毛利辉元无法顺利占领庆尚道。全罗道光州的金千镒、全州高敬命也于1592年6月1日组织义兵，忠清道公州出身的赵宪、僧人灵圭则于1592年7月3日整顿兵力，联合抵抗小早川隆景、立花宗茂等日军第六军团，其中经历清洲城之战、梁丹山之战、两次锦山之战。另外还有京畿道海州的李延馣对抗黑田长政，以上皆妨碍了日军的前进。但是朝鲜的武备废弛已经到了令人发指的程度，仅仅一个月即“三都守失，八道瓦解”
明军援朝
1592年5月8日朝鲜国王李昖仓皇出奔平壤，但在1592年5月27日日军第一、第二、第三军团追击而至，突破临津守备攻陷开城，于是宣祖李昖不得不在1592年6月11日离开平壤，再继续流亡至中朝边境的义州，并遣使向宗主国明朝求援。
当时朝鲜全国八道已失，仅剩平安道以北，靠近辽东半岛义州一带尚未为日军所陷，宣祖李昖知道若没有明朝的帮助，根本没有可能光复朝鲜，因此便派几批使臣去明朝求救。朝鲜的使臣们除了向万历皇帝递交正式的国书外，分别去游说明朝的阁臣、尚书、侍郎、御史、宦官，甚至表示愿意内附于明朝，力图促使明朝尽快出兵援朝。而明朝朝廷亦认为“倭寇之图朝鲜，意实在中国，而我兵之救朝鲜实所以保中国”。因此，不久后便答应宣祖李昖渡过鸭绿江，居住在大明领土辽东半岛的宽奠堡，正式受到明廷的保护，同时出兵援助朝鲜。
对于明朝而言，朝鲜的告急几乎是不可思议之事，根据《宣祖实录》，明朝曾经遣使来问说，贵国向为东国之强者，为什么突然失陷于倭贼?……同时也有使节表示，贵国既然求援怎么不曾提及几月几日那道沦陷、发生什么战役、损失多少兵马、将领有谁战死、臣子有谁死节等等……让朝鲜国王与诸臣一时惊惧，担心明朝怀疑朝鲜与日本同谋，想要假借向明朝求援引诱明军进入朝鲜来歼灭之。
当时也有福建海商，以到朝鲜经商时听闻的消息，回报朝廷说，朝鲜与日本同谋。国王在得知此消息后，为了让明朝释疑，除了反复派出使臣外，也将日本威胁朝鲜的书信转呈给明朝，以表示朝鲜之无二心。与此同时兵部尚书石星也秘密派遣曾经出访过朝鲜，看过朝鲜国王者，来辨别朝鲜国王的真假，辽东也遣画师前来，秘密画下国王的相貌以资辨别。
明军初战不利
在明朝中央反复搜集情资与讨论之际，辽东已经在6月己亥日先派遣出宽奠堡副总兵都指挥佟养正率领8名飞骑传信先渡江到朝鲜义州附近准备，分为5拨，每拨须奔驰百里，遇到紧急军情，迅速传递。恰巧倭将屯住在江沙，发数百名骑兵举行操演，朝鲜大臣特地请明将前往侦查，明将有说：“若只如此，天兵一来，可以剿灭。”
6月癸卯，随着明军的即将到来，明朝与朝鲜反复磋商的事宜开始集中在基本的事务上，首要需要解决的就是军粮问题，因为朝鲜无饷，所以明朝朝廷已经决定由中央直接拨饷给明军，同时也先赏赐朝鲜国王2万两银两。只是粮食转运不便，所以在明军的立场是希望朝鲜能够提供。宣祖实录里在此段时间充满了国王与大臣之间关于军粮的讨论，本来预估在平壤有4万余石，在安州有20余万石，可以供5000人15日食用，不过其后平壤沦陷，粮食尽归日军。后说嘉山有5~6百石的粮食，可以供2000士兵使用，却有说安州连1石粮食都没有。由这些记载里面可以看出朝鲜政府对于地方的掌控已经完全失控。地方官员很多因为避难都逃亡无踪，中央也不知道地方的详情。
最终在1592年6月15日参将戴朝弁与游击史儒开始率军渡江，根据《宣祖实录》纪载一共是有1029名士兵、马1093匹。在之前因为朝鲜使臣已经回报说明军分为两梯，首梯由初七日由史儒率领发兵，次梯则是初十日由王守官领兵发兵。第一梯一渡江后朝鲜政府随即一再催促出兵南下，并且还为了军队的指挥权，明军将领与朝鲜大臣起了小小的口角，不过明军将领相当坚持要等全军到齐才出兵，可以看出明军将领的确是老于战阵，朝鲜的大臣则是因为缺少军事经验与一再的失利而丧失了判断力。在丁末日原任参将郭梦征与游击王守官率领500军马渡江回辽东，隔日17日，两人又再度率军渡河回朝鲜，共率领506名士兵与马匹779匹，副总兵祖承训也同时率军到来，有军队1319名马匹1529匹。相加之后就可以得知，辽东第一次发兵时共出兵2348人、马匹2622匹，指挥官为副总兵祖承训，后勤调度则是由驻防在九连城的辽东总兵杨绍勋总理其事。
6月间朝鲜使节李德馨屡次上书明朝辽东巡抚郝杰，并在巡抚帐下日夜痛哭不走，辽东巡抚受其感动，遣副总兵祖承训率骑兵三千余人渡鸭绿江救援朝鲜。
1592年7月17日黎明，祖副总兵长途奔袭以游击史儒、王守官等为先锋统军进迫平壤城，史儒率领千总马世龙、张国忠两官先入城，手斩敌首10级，由于连夜大雨导致辽东军火器失效，加上祖承训不熟悉日军战法导致军溃将亡遭到铁炮命中而亡。军队溃散，祖副总兵仅以身免，一日之内败退过大定江，朝鲜急派兵曹参知沈喜寿往九连城，希望杨绍勋总兵能命令祖承训副总兵暂时留守在朝鲜境内，但祖副总兵撤退过速，已经渡过鸭绿江。
祖承训副总兵在其后上呈给杨绍勋总兵的报告里面，提及了数个问题：
粮草不继，朝鲜无法提供足够的粮草够军队食用。
军情不实，朝鲜情报指出平壤只有1000多名倭军，实际交战后估计倭军有上万人。
指挥权不专，朝鲜群臣一直希望明军能由朝鲜将领指挥，并且压迫明军在天时不利的情况下出兵。明军对朝鲜军缺乏信赖，祖承训副总兵指出同时去平壤的也有500名的朝鲜军，结果临交战时，400名朝鲜军先溃逃，剩下的100名则是与对方有所交谈。同时，明军多有遭弓箭射伤与射死，根据朝鲜的情报，倭军只有铁炮与长剑，所以怀疑射箭的是朝鲜人。经过朝鲜使臣的反复申辩，杨绍勋总兵后来接受了朝鲜的解释，也就是军情是由朝鲜的节度使提供的，可能侦查有误，关于射箭一事可能是因为朝鲜兵器落入倭军手中，或者是因为有朝鲜人遭到俘虏，才受到倭军指使。
明朝增援
万历朝鲜战争——武器装备明军第二波增援而自从平壤兵败后，辽东军就等同是移交了此战争的主导权到中央兵部手里，在其后朝鲜使臣虽然数度拜见杨绍勋，或是其他游击、参将等等，请求再派兵进入朝鲜以壮士气，甚至说出派几百人声援都可以。不过，明朝已经另有战略规划，兹摘录《宣祖实录》里的几段话：“……此贼非南方炮手不可制，欲调炮手及各样器械先到于此矣，待南兵一时前进……”，“……今则霖雨频数，道路泥泞…秋凉后方可发大军前进剿灭…偌大军留义州及你国…则你国粮料不敷，你国今且省了粮料，留备大军之用…发兵救援已有明旨，我天朝无有内外之别，宁有终始之异乎…”。
可见后来明廷和辽东军已知倭军绝非朝鲜以为的数千兵马，而且也已经规划要以中国内地后勤补给来支援作战，并期望能以优势兵力尽速击倒倭军。至于后来为何成为梯次增兵，还是不脱补给不继与情报缺乏两原因
明军自7月起多次派遣游击沈惟敬到朝鲜，甚至远赴平壤与倭军谈判，其目的在于拖延时日以待大军集结。
同时先派出先锋，不过因为考量到朝鲜的军粮缺乏，所以暂时驻兵在辽东境内，根据《宣祖实录》纪载，所派先锋人数为6000人，其中有副总兵祖承训的蓟州镇兵2400人，和本来要派往建州卫的南军炮手600人，游击张奇功麾下3000人。至于总兵力则是号称10万人，实际派发在7万人。9月己未，敕使薛潘渡江到朝鲜晋见朝鲜国王做最后的协调，“…曰：天兵十许万方到，且千里馈运，事所未易，预以银来此换米，何如？…”，这段是说千里运粮不是很简单，天朝想要带银两来此，然后现地买军粮，可以吗？国王是这样回答的：“…小邦土地偏小，人民贫瘠，且国俗不识货银之利，虽有银两，不得换米为军粮矣…”，一段话就等于告诉明朝大军必须要自带粮食，朝鲜的农业基本上是已经破产了。在同月的辛酉日也有如下纪载，辽东巡按命令林世禄询问朝鲜司谏院司谏李幼澄，“…你国粮料可支几月？答曰：可支万兵一月。又问：一月之外做何计较？答曰：若除平壤之贼，则忠清、全罗亦可取用…”，由此可知为了支应大军，平壤是首要战略目标。
关于日军人数与明军数目的讨论。9月甲子，朝鲜宣祖召见尹根寿与韩应寅讨论，沈惟敬只看到平壤的敌军人少，咸镜道的敌军更数倍于平壤，尹根寿转述说沈游击表示平壤光是看到的敌军就有1000人，其他分驻的人应当更多，尹根寿说侦探回报平壤军队只有900人，沈惟敬则说，此侦探所言不实应该斩首，预估需要7万人才可以攻陷平壤…。事后以此观之，7万人的确是首次出兵的估计人数。至于朝鲜全境的日军人数讨论，可以见实录再10月庚寅，宣祖召见多位备边司官员讨论，其中有问说“…贼数几何？尹斗寿曰：“…贼自言32万云矣…”，这时尹根寿接着说，贼自己这样说，如果有8万人就可以迅速攻陷朝鲜，因为只有5万人，所以无法迅速战胜。李恒福回答，“我军杀死倭军几乎有10万人矣，如果倭军只剩下40万人，为何到处都有倭军呢？…”所以，虽然已经经过4个多月，朝鲜还是无法确定日本军到底是登陆了多少人，这也为后来的明军所需要派出的兵力估算增加了不少的困扰。
建州卫的女真人对朝鲜提出援助，9月辛未，建州卫的女真人努尔哈赤在向明朝朝贡马匹的贸易后，听说日本军入侵朝鲜之事，派使臣马三非来朝鲜说：称建州卫部下有马军三、四万，步军四、五万人，皆精勇惯战，听说倭军入侵朝鲜，因为跟朝鲜唇齿相依，愿意出兵援助朝鲜。经过朝鲜国王宣祖与大臣讨论后，礼貌性的拒绝了（实际上朝鲜探知了努尔哈赤支援朝鲜为假，借路联盟日军为真。而日军此时已在北部拔西海女真二十营有余，其余女真部落纷纷溃散。）
明军的军略。在10月庚辰，朝鲜礼曹判书尹根寿等见明朝葛总兵，葛总兵私底下告诉他们说：“这次动员有关内蓟州、宣府、大同等处镇兵及南兵10万人共7万人，广宁、辽东等地镇兵60万人共70万人，……圣旨以为直杀到王京，如果让倭军今年逃走，则明年必当再次入侵，当使倭军片甲不还。”
这就是明军一开始的用兵规划，希望能集结大军一次歼灭入侵的日本军，只是事后才发现计划与实际有所出入。朝鲜大臣又问粮饷，葛总兵说：“鸭绿江以西车运，以东马运，并不需要使用贵国的钱粮。使臣又问说，那么沈游击的和谈之说，如何？如果真的和谈，小邦的痛就没有办法申张了。葛总兵回答：如果倭军束手哀求请降，那我们也只能默默接受。如果顽强抵抗，就将倭军一次杀光。”
明军首波渡江入援人数的朝鲜官方纪载，10月壬子，朝鲜的备边司启曰：“天兵共计48005人，将领中军千把总还没有算在里面，一日粮每一名是1升5合，马匹26700匹，将领等官之马不在数内，每一匹日给料豆3升。以此计算，则48585人的粮食一天是720石，2个月则需要米843730石；马一日用豆801石，2个月需要豆48060余石。……目前估计自义州至平壤，留谷之数大约有51488石，豆33127石……，抽西补东军粮可以支应50余日，马豆则似乎不足……。”
平壤大捷
同年8月，明朝以兵部右侍郎宋应昌经略备倭军务，并诏天下督抚举将材。于10月16日，明朝命李如松总理蓟、辽、保定、山东军务，并充任防海御倭总兵官，其弟李如柏、李如梅为副总兵官，一同开赴朝鲜。明朝从全国范围调集了4万精锐。这支军队的主要构成如下：辽东铁骑1万；宣府、大同各选精骑8千；蓟镇、保定各选精锐步兵5千；江浙步兵3千。四川副总兵刘铤率川军5千，做为后续部队向朝鲜进发。在1592年12月25日，总兵官李如松从宁夏胜利归国后，尚不及休息即率军43000余人越过鸭绿江进入朝鲜。元月5日进抵平壤城下，元月8日与小西行长的第一军团18000人战于平壤，平壤城易守难攻。
东有大同、长庆二门，南有芦门、含毯二门，西有普通、七星二门，北有密台门，有牡丹峰高耸，地形险要。李如松的部署如下：蓟镇游击吴惟忠率领步兵当先，辽东副总兵查大受率领骑兵居后，攻击北部要塞牡丹峰；中军杨元、右军张世爵领兵进攻城西七星门；左军李如柏（李成梁次子）、参将李芳春领兵进攻城西普通门；祖承训率领明军乔装为朝鲜军麻痹日军，力攻城南芦门；主帅李如松督阵。明军主力将进攻平壤的南、西、北三个方向，东面给日军留出退军路线。祖承训率领的明军率先突破城南的芦门，接着含谈门、普通门、七星门、牡丹峰也相继被明军攻占，日军黑田长政曾派黑田二十四将之一的久野重胜前往侦查，也被明军毒刀砍伤于翌日毒发身亡。小西行长一看大势已去，率领残兵退守城北一隅风月楼。入夜，日军自东南方向突破，渡过大同江向汉城退却。沿途早有李如松部署李宁和查大受伏兵等候，一阵掩杀，击毙数百日军。当时明军配有佛朗机炮、虎蹲炮，灭虏炮...等等火炮数百门，日军火绳枪虽然略优于明军火铳，但日军却没有明军威力强大的火炮。朝鲜纪录“在距城5里许，诸炮一时齐发，声如天动，俄而花光烛天”，...“倭铳之声虽四面俱发，而声声各闻，天兵之炮如天崩地裂，犯之无不焦烂……”。李如松卒收复平壤、开城，并且进攻汉城。
碧蹄馆之战
由李如松率领的明军在平壤大捷后，欲乘胜追击日军，先遣副总兵查大受与朝鲜将领高彦伯领骑兵数百侦查开城至王京之间的道路，正月廿五侦查先锋在碧蹄馆（位于首尔西北部的高阳市德阳区碧蹄洞）南方的砺石岭遇到日军前野长康、加藤光泰的侦察队数百名，一时之间，双方前锋交战互有伤亡，日方败退损失60名骑兵，查大受则退往碧蹄馆。
26日提督李如松得报后，以为日军如当地土民所说弃京城撤退，遂率领本部兵马骑兵5000余人从开城疾驰引援。
孰料日军立花宗茂率先于其他日军，独自领3200名军兵正在砺石岭埋伏，以部将森下钓云、十时但马侦查到明军查大受所部，小放几发铁炮后回报，便从清晨7时倾开始，起先仅以部将十时连久、内田统续、天野贞成率500兵为第一阵摆旗示弱引诱查大受来攻，十时连久投枪、拔刀奋战率队突击至北边的望客砚，但遭查大受约3000兵力的包围，中箭（可能为李如梅所射之箭）撑到立花军第二阵小野镇幸、米多比镇久的800兵交替后身亡，不久立花宗茂与其弟高桥统增率本队2000兵从左方奇袭明军右翼，查大受因此更往北边的碧蹄馆退军，此时宗茂率亲兵800追击，但部将池边永晟奋战战死，又查大受终于接应了驰援而来的李如松，此前哨战历经5小时，后立花军转往碧蹄馆西南边的小丸山布阵休息，接应小早川隆景等日军大部队军势于望客砚。
李如松得知先锋已经交战迅速展开为鹤翼之阵，于砺石岭北方的望客砚迎来查大受军势后于碧蹄馆重整军阵，此时近中午时分，突然20000名日军先锋军如小早川隆景、毛利元康、小早川秀包、吉川广家等出现占领望客砚，后面还有日军本队20000兵如宇喜多秀家、黑田长政进军。
由于碧蹄馆地形狭隘，又多泥泞水田，不利骑兵行动，于是李如松且战且退，往北方高阳市的出口惠阴岭，急忙传令中军主力急速进兵，虽然刚开战明军先锋击退小早川隆景的左翼先锋粟屋景雄3000兵，但隆景右翼先锋井上景贞3000兵又反包夹明军先锋，但是战况仍是明军优势，一方日将立花宗茂领3000兵从日军左方移动至明军右侧山上，见机先以部将立花成家率铁炮队射击后全军突击明军右翼，立花军中其中一位金甲倭将（小野成幸）与李如松单挑时，被李如梅射杀，而明军左翼也遭到毛利元康、小早川秀包、筑紫广门的突击，正面则是小早川隆景压制，明军顿时如同被包围的态势，此时李如柏、李宁、查大受、张世爵、方时辉、王问等明将皆各自持刀奋迅作战，其中李有声为护卫如松而遭到隆景部将井上景贞刺杀，立花军中也有安东常久、小串成重两位旗本武士战死，小早川秀包麾下更有八名家臣身亡，不久小早川隆景投入吉川广家、宇喜多秀家(实则为其重臣户川达安所率）、黑田长政的军势欲加包围，两军从午后交战6个小时至黄昏，然而明军终于等到左协大将副总兵杨元率援军到来，杨元奋勇冲破日军包围领军抢占如松右方阵地，并和李宁的炮营发炮轰击日军援护明军撤退，日军小早川隆景因明军援军的到来方始退军。（以上过程为参考、融合《明史·李如松传》[1]、《日本战史·朝鲜役》[2]的说法。）
两军从午后交战6个小时至黄昏，另据朝鲜史载两军各死伤5、6000人，部分日史记载明军参战人数为20000人，倭军斩首明军6000人。满清编写者则说“诸营上军籍，死亡殆二万”云云，占了当时明军入援朝鲜参战兵力的一半。都远远高于朝鲜史的记载，根据朝鲜宣祖实录所记，明军投入战役人数当不超过5000人，当日军望见明军步兵抵达后随即撤退，可见明军投入战场兵力并不多。而“朝鲜《宣祖实录》记载，此役之后，明军大势依然，二万之死亡云云当系虚说”应该可以确信。但是现代有两部史学研究作品《Samurai Invasions of Korea 1592-1598》和杨昭全《中日朝关系史》都认为是明军战败了。实际上客观评价都认为明军虽然实际损失不大，但这是一次大将骄傲的导致的不必要的失败，由此使得第一次援朝战争失去了尽快结束的契机。《中国军事通史》评价说“李如松锐气大减……把大军留驻于开城一线，不再前进”。
争议
明军南、北兵之争：因为平壤之役南兵先登城墙，可是北兵多斩首级，而李如松上报朝廷的时候多表北兵之功，而少论南兵先登之功，造成南兵将领与北兵将领之间的隔阂。朝廷也因为有北兵是斩朝鲜人的首级来报功的传言，特别派出钦差大臣来朝鲜查证。在碧蹄馆战役后，南兵就传出北兵在碧蹄馆阵亡的传闻，并且抢先向经略回报；同时南兵因为提督下令他们留守平壤，在碧蹄馆一战后，将领对于北兵将领多有嘲讽之语，认为北兵作战不利，如果单用南兵早就收复平壤。
明、朝之争：两国争议不外乎是在粮饷与兵力，朝鲜复国心切，一再催促明军进兵，明军将领多半言明粮食欠缺，天候不佳，进兵有所疑虑。同时明军因为将南兵留在平壤，在前线的反而多是北兵，北兵以骑兵为多，根据当时将领所言，明军损失战马多达12000匹，造成骑兵战力的严重折损。此外明军也碰到逃兵问题，尤其以辽东兵最为严重，而南兵因为家乡遥远，反而不会脱逃，为了填补空缺，明将多向朝鲜要求勾军来填补缺额。此外，明将也多次反映朝鲜提供的敌情不明，无法知道要用多少兵力才可以消灭入侵的日军。对于宋经略则是完全不相信朝鲜的官员，认为他们很容易泄漏军机，往往军情只要移咨朝鲜官员，他们一下朝后就会转告亲友，当时朝鲜的风俗也不以泄漏朝政为可议，反而认为如果不说就是瞧不起亲友。因此明、朝官员多所隔阂。至于某些明朝官员假借职位，要朝鲜官员提供日军首级以报功等等情事，也让朝鲜官员有所不齿。
明军经略提督之争：经略以文人而节制军事，提督要求增兵増饷都需经过经略上承，李提督老是以为宋经略受南兵影响故意压文不发，同时宋经略也以为武人爱说大话，往往上呈不实，比如说有功劳的时候以少报多等等情事。双方因此公文多方往返，就是不愿进兵，而宋经略也受到朝廷和战议论的影响，要在北京多所谋略。于是，一开始是李提督主战而宋经略不许；后来，在日军撤兵向釜山时，又变成李提督主张缓进，宋经略主张急追。两人互相制肘，反而一事无成，徒让朝鲜君臣议论纷纷。
后续陆战
之后日军于2月约2万兵力转攻京城西北方的幸州山城，朝鲜城将权栗以少数兵力大败日军，日将石田三成、吉川广家等负伤。2月，李如松改变策略，于3月初焚烧日军于龙山的粮仓粟数十万，逼使其撤退。19日，日军因为缺粮，被逼由汉城（今首尔）撤退。5月四川参将刘铤率军五千赶赴援朝，并被任命为副总兵。日军撤退至釜山，此后陆战皆集中在朝鲜南部四道，并以朝鲜勤王军与倭军的战斗为主。日军于6月中旬又攻打朝鲜南部的晋州城，为第二次晋州城攻略战，日军加藤清正、黑田长政以部下饭田直景、庄林一心、后藤基次以龟甲车破坏城壁，大部日军涌入晋州城而攻陷，城将金千镒战死。
水军作战
万历朝鲜战争期间朝鲜水师的武装自从日军登陆以后，朝鲜水军随即在全罗道左水使李舜臣率领下展开一连串的反击，依宣祖实录的纪载列表如下：
五月初六日 闲山岛，庆尚右水使元均与全罗左水使会师有战舰80艘，进到玉浦，遇敌船30余艘，击破26艘
五月初七日 再度会师，听到国王西幸的消息，诸将放声痛哭。
五月初九日 舰队解散，各回本镇。
廿九日 露梁会师，遇敌1艘，击毁，又遇敌战船12艘，悉数击毁。
六月初二日 唐浦，遇敌舰20艘，中卫将权俊撞破敌指挥舰，并射死敌将。
六月初四日 唐浦，全罗右水使李亿祺领战舰25艘会师。
六月初五日 出外洋，后移泊固城唐项浦中洋，派三艘船侦查，一出海口即遇敌舰26艘，会战，焚敌舰10余艘，斩首210余级，溺水无算。
六月初六日 追敌外洋，焚一船。
六月初九日 罢兵归镇。
七月初六日 舜臣与亿祺会师露梁，元均修理破船7艘先来，敌舰70余艘自永登浦移泊见乃梁。
七月初八日 舟船至中洋，敌退我追，敌舰70余艘列阵内洋不出，以佯退引出至闲山洋前，以鹤翼阵,先破3艘，焚63艘，400余日军弃舟上陆潜逃。
七月初十日 安骨浦，敌40艘，列泊洋中，鳞次列阵不出，我舰反复冲杀，尽毁敌舰，三阵斩首250余级，溺死无算.
在明军驰援的同时，朝鲜水师在海战则占据了主动权。1592年5月4日，当时的朝鲜全罗道左水使李舜臣，统率75艘舰船驶出全罗南道丽水港，准备对日军发动进攻。日军则派藤堂高虎率领50艘木制战船迎战。5月7日，朝鲜水师偷袭日军，日军被杀个措手不及。一轮激战过后，日军损失惨重，被朝鲜水师消灭了26艘战船，剩下的舰船只得仓皇逃跑。李舜臣继而在合浦、赤珍浦海面再歼灭余下的日军。5月9日，这场海战最终结束。从此朝鲜水师掌握了制海权。全场海战朝鲜水师共歼灭日舰44艘，而日军伤亡则不计其数，相对而言，朝鲜水师只是伤亡了很少的兵力，舰船更是丝毫无损。
玉浦海战是壬辰战争爆发以来，朝鲜军队的首场大捷，大大振奋了朝鲜军民抗敌的决心，并使得日军输送兵力和粮食辎重至朝鲜半岛从此变得困难，因为日军在此战后已丧失大半制海权。
1592年5月27日，日本水师不甘失败，转而向庆尚南道的泗川进攻。李舜臣得知消息后，立即于5月29日率龟甲船队23艘出发，迅速驶至泗川海湾外面。当时海湾内共有12艘日本楼船， 但日军对上次海战失利犹有余悸，因此当他们见到朝鲜水师驰援，便迅速逃至陆上，在山上布防。李舜臣于是命朝鲜水师假装撤退，以引诱日军登船追击，结果日军 中计。这时正好潮涨，大大有利于朝鲜水师的龟甲船和板屋船这类大型舰船活动，因此当日舰出动时，李舜臣即下令众舰船迎击。很快地，日舰便被打败。而李舜臣 虽然在战斗中负伤，但仍继续指挥官兵杀敌，结果12艘日舰全部被击沉。
经此战役，日本水师再不主动进攻，而改为防御和偷袭朝鲜水师。
唐浦、固城、栗浦海战主词条：唐浦海战、固城海战和栗浦海战
1592年6月2日，李舜臣统领的朝鲜水师龟甲船队主动出击，进攻在唐浦港内停泊的21艘日舰，日舰被朝鲜水师两面包抄，最后被全歼。唐浦海战获胜后，李舜臣稍事休整。1592年6月4日，与全罗右水使李亿祺会师，并于6月5日清晨齐其一起率领51艘战船，向固城唐项浦的海湾内的26艘日舰进攻，并从两面对其包抄围攻。结果日舰除了一艘被故意放走外，其余全部被歼灭。当晚，该艘故意放走的日舰将岸上日军接载上船，并欲于1592年6月6日凌晨逃走，但这正中了李舜臣的计谋，结果朝鲜水师歼灭了该艘日舰，固城唐项浦海湾的全部日舰均被歼灭。6月7日，朝鲜水师再度出击，向栗浦的7艘日舰进攻，日军不敢迎战，掉头便跑，但结果仍被李舜臣全歼。
这三场海战后，日本水师大受打击，但日军主帅仍未心息，决定集结兵力，与朝鲜水师进行决战，结果导致了闲山岛海战。
闲山岛海战
为了与朝鲜水师进行决战，日本水师在巨济岛一带集结，准备兵分三路向朝鲜水师发动进攻。而李舜臣则将其全罗道的舰队和庆尚道的部分舰队组成联合舰队，准备迎战。1592年7月6日，李舜臣进兵出唐浦附近水域，并于7月7日清晨，将集结于巨济岛的日本水师引至闲山岛附近水域决战。李舜臣选择在此地决战是因为这里有着较为宽阔的深水环境，易于设置埋伏，可以向日本舰队进行包围歼灭。
在决战开始不久后，朝鲜水师的战船即将日军包抄起来，而朝鲜水师的龟甲船则向日军舰队直撞过去，很快便撞翻了日军舰队前列的几艘大船，而其余朝鲜战船也奋勇杀敌，与敌作殊死战，结果日军的61艘战舰被全歼。这就是闻名于世的“闲山岛大捷”。
经此一役，日本水师完全丧失制海权，无法运送军粮，日本陆军因此无法再行侵略，结果丰臣秀吉只有与明朝讲和，改令日军于朝鲜南端建筑倭城以作防备和储粮之用。而李舜臣则被封为二品正宪大夫、三道水师统制使。
在战争平息了一年多后，1596年4月，朝鲜的使者李宗城因为犯了贪淫罪，被日本守臣所逐，奔还汉城，朝鲜方面随即下诏逮捕其入狱，但已惹来丰臣秀吉的不满。5月，明朝再次提议赐封丰臣秀吉，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬一同前往。9月，明朝赐封的使者杨方亨抵达日本，但丰臣秀吉因朝鲜王子不偕同前来以答谢而发怒。结果丰臣秀吉不肯受封，并决心再次发兵侵略朝鲜。在1597年1月，日军拒不退出釜山，朝鲜得知日军再次入侵，于是遣使再至明朝求援。这次再侵朝鲜，丰臣秀吉吸收了上次海战失利使得不能大量运兵和运输补给的教训，使用反间计诬陷李舜臣阴谋篡权，使得李昖将李舜臣下狱，其后将其贬为士兵，只能白衣从军。
万历二十五年正月，丰臣秀吉发动了第二次对朝战争。这次来势更加汹汹，准备更加充足。
军团
指挥官
所部兵员
第一军
加藤清正
10000人
第二军
小西行长
14000人
第三军
黑田长政
10000人
第四军
锅岛直茂
12000人
第五军
岛津义弘
10000人
第六军
长宗我部元亲
13000人
第七军
蜂须贺家政
11000人
第八军
毛利秀元
40000人
以上人数共十二万，加上驻守釜山预备队，日军总兵力约为十四万人。
神宗得讯后，知道使臣和兵部没有把日本方面的真实意图动向报告朝廷，一心求和，竭力欺瞒。当即大怒，马上下令革去兵部尚书石星等人的职务，令邢玠以兵部尚书出任总督，都御史杨镐经略朝鲜军务，再次出兵援朝。同时下谕旨声明石星罪状“倭奴狂逞，掠占属国，窥犯内地，皆前兵部尚书石星谄贼酿患，欺君误国，……着锦衣卫拿去法司，从重议罪来说”。
再援朝鲜
明朝纪功图——兵部尚书邢玠破倭图1597年初，日本出动陆军141490人，水军22100人，水陆并进再度入侵朝鲜。
2月，明朝再次议定援朝征日，以麻贵为总兵官，统率南北诸军。在3月，明朝以山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务，并以兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭。5月， 邢玠赶至辽东。
开赴至朝鲜的第一批明军共约3万余人。
总兵麻贵率1万7千人驻守汉城；杨元率辽东骑兵3千人，驻守南原；陈愚衷率兵2千人，屯兵全州，与南原军互相呼应；吴惟忠率南兵4千人进至忠州；茅国器率兵3千人屯星州，控制岛岭、秋风岭。明军的战略部署是，上述各军据守本部要塞，待总督邢玠率领的4万大军一到，明军和朝鲜军即转入战略反攻，由南原、忠州发动钳形攻势，直捣釜山之敌。
初期战况
6月，日本兵船数千艘停舶于釜山，逐步向梁山、熊川逼近。8月，日本攻破泗川、南海、光州，最后进攻南原（为全罗道外藩，一旦失守，天津、 登、莱皆可扬帆而至）。明军副总兵杨元率领3千明军和3千余朝鲜军镇守南原，孤军坚守数日后被日军攻破，守城将士绝大部分阵亡。
攻破南原后，付出很大伤亡代价的日军屠城一日。这时驻全州的明将陈愚衷因南原失陷立即撤退，这样加藤清正的右路军便兵不血刃的拿下了全州。之后日军又分别攻陷黄石山、金州、公州等地， 汉城的屏障尽失，再一次濒临险境，朝鲜局势再度危若累卵。6日，麻贵命副总兵解生等率军2千，奔赴稷山北部，巩固汉城的前沿阵地。7日，于稷山附近与日本战国名将黑田长政和率领的日军第三军团一部发生遭遇战，明军的后续部队杨登山率军赶到，败黑田长政，后因毛利秀元大军赶到而撤退。黑田长政占领稷山，未能北上汉城。
9月，明军逮捕前兵部尚书石星下狱，并与在明军和日军之间两边获取利益的沈惟敬一同俱论罪处死，结果石星于1599年死于狱中，沈惟敬则于市集斩首。
10月麻贵以李如梅率数千攻向星州谷城，城将小早川秀包、筑紫广门起先死守，之后迎接小早川秀秋派出的援军山口正弘、南部无右卫门后转守为攻，如梅遂退去。同10月攻打青山的日军毛利秀元等则被参将彭友德率领的中朝联军重兵包围，死伤惨重，幸蔚山城将浅野幸长、宍户元续、太田一吉的接应援护才撤退。12月，援朝明军与日军大战于蔚山。
蔚山之战
根据《晚明史》一书的记述，当时在朝兵力，明军远低于日军，丰臣秀吉调动的侵朝兵力，这时候已达十四万之多，而“明朝方面的援军，最初预定七万，实际最多时才四万。”后来才陆续增兵，“朝鲜李朝《宣祖实录》的记载，明军达十一万人。不过这些数字都是万历二十六年的事，万历二十五年战争初期兵力没有达到这一水平， 日军明显占据优势地位”。
所以一开始明军在朝鲜的形势相当困难，据守的城市接连失陷，进攻也遭到挫败。但在万历坚定不移的支持之下，形势开 始逆转，日军逐渐抵挡不住明军的攻势， 根据朝鲜人赵庆男《乱中杂录》记载：“丁酉九月六日，天将副总兵解生等，大败贼众于稷山金岛坪，加藤清正等退遁，流下岭南……麻贵领大军启行，至水原下寨，遣 兵埋伏于芥川上下，以为后援……七日黎明，天兵左协出柳浦，右协发令通，大军直从坦途，锣响三成，喊声四合，连放大炮，万旗齐颤，铁马云腾，枪剑奋飞，驰 突乱砍，贼尸遍野，一日六合，贼逝披麾……翌日平明，贼兵齐放连炮，张鹤翼以进，白刃交挥，杀气连天，奇形异状，惊惑人眼。天兵应炮突起，铁鞭之下，贼不措手，合战未几，贼兵败遁，向木川清州而走”。
日军遭此惨败之后，明军乘胜追击，接连获胜，二十三日又攻打蔚山，是为第一次蔚山城之战最后把日军将领加藤清正率领的军队围困在岛山。但这时候日本大批援军到来，天又下大雨，明军火器部队无法使用，解了加藤清正部队之危难，这时候明军的经略杨镐又指挥失误，仓促撤军，明军遭受了极惨重的损失。日军方面参谋本部编《日本战史－朝鲜役》中204页记载加藤清正守城所用兵力一万三千，206页记载战后所余一万人，减员在三千。推算死者应当超过千人， 由于围城仅十余日，不可能有饿死，病死也应当是极少数。
而明军于攻打蔚山期间，明将高策趁日军大部赶往蔚山援救之时率2万2千偷袭日军本阵釜山，也被日将立花宗茂以8百人用夜袭和火计击退，是为般丹之战，同时更有另一支明朝联军偷袭梁山，但被黑田孝高击退。
1598年1月，明朝攻打蔚山的军队因为日本的毛利秀元、黑田长政等日军的援兵突然赶至，大为震惊。杨镐赶不及下令，便策马率先赶奔汉城，麻贵亦继而赶之，一时间大部军队皆溃败。只有副将吴惟忠、游击茅国器断后，日军在解围后暂退以保住胜果。杨镐与邢玠却向明朝朝廷谎报前线大捷。但当时各营欲向明朝朝廷回报，士卒死伤二千，这使杨镐大怒，按而不报，只称死伤百余人。赞画主事丁应泰得知战败，至杨镐处商议应对计略，但杨镐竟出示张位、沈一贯的手书，扬扬自得。这令丁应泰愤而向朝廷回报战败事实，明朝首辅赵志皋欲保杨镐，决定暂时不逮捕他，但亦遣官查察。
2月，邢玠招募江西水军，并以海路运兵以作持久之计，5月明朝叫回攻略蔚山失败的杨镐，新增兵力给于刘铤、邢玠并调派水陆约5万军力进朝鲜，于是都督陈璘以两广之兵，刘铤以四川之兵，邓子龙以浙江、南京之兵赶至增援，明将张榜、蓝芳威等于此时参阵。6月，杨镐罢职候查，万世德代之。
鸣梁海战
战事再起之初，朝鲜水师几乎全军覆灭，无奈之下，朝鲜再次起用本来已遭罢黜的李舜臣。李舜臣到任时，原来苦心经营的水师，只剩下数艘舰只。但他因为身系救国重任，惟有在这个逆境里尽其全力，在全罗道右水营着手重建海军。1597年8月28日，李舜臣指挥着这支刚重建的水师，再度与日本水师决战，而决战地就是在鸣梁海峡。
李舜臣守在鸣梁海峡，但因兵力薄弱，所以决定设陷阱，派人乘退潮时在岸边设置了铁索与木桩。公元1597年10月26日， 日军统帅藤堂高虎率领330余艘战船和2万陆军出发，欲趁涨潮时攻进鸣梁海峡，全歼朝鲜水师。李舜臣首先将海峡内的民用船只侨装成战舰，以扰乱日军，使其以为朝鲜水师已恢复过来。他自己则亲率12艘战船引敌深入鸣梁海峡。在成功引诱日军进攻后，李舜臣随即发起集中的攻击，对准日军指挥舰攻去，结果歼灭了日 军指挥舰和其他战船2艘，并击毙日军主帅来岛通总。同时间，潮水开始退却，朝鲜舰船趁势进攻，日舰因失去主帅，军心散涣，只得顺潮向东撤退，但却遇上李舜臣事先埋下的铁索和木桩，无法退却。结果朝鲜水师全力拼杀，歼灭日舰30余艘，并击毙日军400余人，击杀三岛水军的大将得居通年、来岛通总兄弟再度重创了日本水师。
1598年，日军小早川秀秋等部70000多人回国休整，以加藤清正，岛津义弘等64000人防守占领区。邢玠将明军兵力分为水陆四路，每路置一名大将，中路李如梅（后替换为董一元），东路麻贵，西路刘铤（外加朝鲜都元帅权栗），水路陈璘，各自负责握守要地，相机而动，进攻之时，各率约五万分三路，以麻贵攻蔚山、董一元、刘铤进攻泗川、顺天。9月底，明将麻贵再次包围加藤清正于蔚山，两军互有胜负，但最后遭到为了援救清正而前来的立花宗茂先以千人夜袭后以假营伏兵击之而败退。10月，总兵官刘綎、麻贵分道出击进攻日军，并大败之。然而董一元率兵3万余攻打日军新起的泗川城寨，由日将岛津义弘率7000兵力驻守，却因明军的大炮突然炸膛，并引起大营火药库连番爆炸，全军登时乱成一片，这时岛津义弘一看明军大营发生爆炸，随即命令日军出击，混乱中的明军大乱，泗川又被日军夺回，据诸葛元声《两朝平壤录》记载：“大将军、木杠已打破大门一扇、城垛数处，而彭兵皆京城亡赖，素不习战，亦不擅火器；忽木杠破，药 发冲起，半天俱黑，各兵一时自惊乱。倭因乘隙，从前小门杀出，直冲彭兵，皆溃走………彭兵三千，止存五、六十。”是为泗川之战。
10月，丰臣秀吉于8月死于京都伏见城的消息传至朝鲜，日军士气因而受挫，开始准备撤退。
露梁海战
11月，日军无心恋战，由蔚山撤离，明军分道进击。
加藤清正率乘船撤退。明军由陈璘提督水师，副将邓子龙、游击马文焕等皆由其统属。以战舰数百，分布忠清、全罗、庆尚各个海口。就在日军将领撤退之时，陈璘派遣邓子龙偕同朝鲜李舜臣联合出击，在露梁海上截击想援救小西行长的日军援军立花宗茂、岛津义弘、小早川秀包、宗义智、寺泽广高等部。邓子龙率三巨舰向日军进攻，并自为前锋，与日军决战。战斗时曾携壮士三百人跃入朝鲜战舰以救援，直前奋击。但其他战舰却误掷火器于邓子龙的战舰，使战舰起火，结果邓子龙战死。而李舜臣领兵来援，率龟甲船冲入敌阵，却被日军包围，结果身中流弹而亡，他死前叮嘱不许张扬，并把军旗交给其子代为发号施令，以继续战斗。随后副将陈蚕、季金等领军赶至，夹击日军，日军则因为成功让小西行长脱困而且战且退。而得以逃脱登岸的日军后为小西行长救走。这时刘綎方进攻小西行长，并夺取桥寨，陈璘以舰队一同攻击，再焚烧日军战舰百余艘。小西行长的友军岛津义弘引舰队来援，陈璘亦将其击败，结果来援日军只得扬帆退去，立花宗茂则作为殿后，接应小西行长让日军主力成功撤退。
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