1619年萨尔浒之战后，明朝对东北亚地区的影响力大为下降，女真族的后金政权开始强大起来。1627年，后金君主皇太极遣兵入侵朝鲜，朝鲜被迫与后金议和，与后金结盟。但当时朝鲜由亲明的西人派执掌政权，依然保持与明朝的关系，收留明朝战败逃至朝鲜的将领，对后金持敌对态度。 

1627年丁卯（明天启七年，朝鲜仁祖五年，后金天聪元年）正月初八，皇太极以朝鲜“助南朝兵马侵伐我国”、“窝藏毛文龙”、“招我逃民偷我地方”、“先汗归天……无一人吊贺”四项罪名，对朝鲜宣战。他命阿敏、济尔哈朗、岳托等人率军东征，阿敏率领三万余骑渡过鸭绿江，攻占义州，济尔哈朗则率领大军进攻毛文龙驻扎的铁山，毛文龙退居皮岛。阿敏认为皮岛隔海相望，没有水师，无法进攻，而义州则被后金轻易攻取，说明朝鲜防御力量很弱，足以取胜。因此，后金把进攻目标转为朝。阿敏率领大军南下，一面放兵四掠，一面以待朝鲜请和。仁祖得到后金大军南下、定州失守的消息，惊恐万状，将后妃送到江华岛避难。阿敏部将乘胜前进，先后攻占安州、平壤，至中和乃停止前进，驻营安扎。此时仁祖也已逃往江华岛，并命使臣到后金营中投书求和。双方经过一个多月的谈判，朝鲜迫于后金的军事压力，基本上答应了后金提出的入质纳贡、去明朝年号、结盟宣、约为兄弟之国等要求，惟有永绝明朝一条不同意。最后阿敏让步，向朝鲜表示“不必强要”。三月初三，仁祖率领群臣和后金代表南木太等八大臣在江华岛焚书盟誓。虽然阿敏在盟誓上署名了，但是对朝鲜誓文不满意，便令八旗将士分兵掳掠三日，使朝鲜京畿道海边一带“尽成空壤”。随后后金撤军到平壤，奉皇太极命令不再后撤，扬言“大同江以西，不可复还”，又逼迫朝鲜签订了平壤誓约，在中江、会宁开市、索还后金逃人、追增贡物。这次入侵，在朝鲜历史上被称为“丁卯胡乱”或者“丁卯虏乱”。 

丁卯胡乱之后，后金和朝鲜的兄弟关系并不和睦。后金军一退，朝鲜马

上向明朝“疏奏被兵情节” 。崇祯帝在答诏中对朝鲜被迫与后金媾和的行为表示谅解，同时表彰朝鲜“君臣大义，皎然日星” 。1629年，袁崇焕为议和诱杀桀骜不驯的毛文龙，为朝鲜除去一害，同时也为满清攻明和朝鲜扫除了后顾之忧，使登莱巡抚袁可立经营数年的登莱防务土崩瓦解。而在与后金的交往中，朝鲜多次表现出厌恶、不情愿的情绪。边境开市，被朝鲜以边地残破、百姓乏食为由一再拖延，定期交纳的贡物，朝鲜也找一切机会削减其数额。明朝孔有德自山东叛逃后金，皇太极命朝鲜助以粮饷，朝鲜非但拒绝，而且还帮助明朝追杀。皇太极一度对明朝采取和平攻势，要朝鲜从中调停，朝鲜看出后金求和之意不诚，加以辞拒双方关系日益僵化，终于酿成了又一场战争。 

1628年，朝鲜依据与后金的协议，开市于中江。同年，因毛文龙被袁崇焕处决导致明军陷入混乱，皇太极计画趁机进攻明朝，向朝鲜徵调兵船。朝鲜仁祖故意拖延三日后才接见后金的使臣，并对他说：“明国犹吾父也。助人攻吾父之国，可乎？船殆不可藉也。 ” 

1632年，皇太极派巴都礼、察哈喇等人前往朝鲜颁定贡额。仁祖仅同意贡献贡额的十分之一，推托说金银、牛角不是朝鲜的特产，拒绝献出。皇太极大为光火，于次年致书仁祖，责其减岁币额，并窃葠畜、匿逃人之罪，欲罢遣使，专互市。朝鲜索性拒绝同后金在会宁城的互市。此后又多次拒绝互市，并加筑京畿、黄海、平安三道白马等十二城，以加强对后金的防备。 

1635年，皇太极攻察哈尔，林丹汗之子额哲献传国玉玺投降。皇太极准备称帝，遣使通报朝鲜。朝鲜将后金使臣囚禁，宣布不承认1627年的城下之盟。使者逃回后金，报告皇太极，皇太极大为光火 。