是时唐王被执死,鲁王亦败走海外,湖广何腾蛟、江西杨廷麟等皆前后覆灭,而明遗臣尚拥残旅,遥奉永历。金坛人王祈聚众入建宁,属县多响应。日初曰:“建宁,入闽门户,能守,则诸郡安,然不扼仙霞关,建宁终不守也。欲取仙霞,宜先取蒲城。”乃遣长子桢随副将谢南云先趋蒲城,失利,皆死。而御史徐云兵连入数州县,锐甚,日初说令夜入蒲城,自督兵继进。会大雷雨,人马冲泥淖,行不能速,军遂溃。建宁被围,王使兵部尚书揭重熙赴援。日初上书,请迳取蒲城,断仙霞岭饷道,徐与围中诸将夹击之。重熙巡至邵武,不能进,建宁遂破,王祈力战死。日初收残卒走广信,寻入封禁山中,数日粮尽,喟然曰:“天下事坏散已数十年,不可救正。然庄烈帝殉社稷,薄海茹痛,小臣愚妄,谓即此可延天命。今乃至此,徒毒百姓,何益?”遂散众,独行归常州。久之,张煌言与郑成功军薄江宁,败走。讹传张弟凤翼乃日初门人,从师匿,县官将收捕,日初色如常,曰:“吾当死久矣。”既而事解。卒,年七十有八。