折御卿起初蒙荫担任节院使。乾德二年（964年），折御卿的父亲折德扆去世，折御卿的哥哥折御勋担任汾州团练使、权知府州事，署任折御卿为汾州兵马都校。开宝二年（969年），折御勋担任永安军留后，朝廷以折御卿为闲厩副使、知府州。
宋太宗亲征北汉，折御卿随军出征，奉命与尹宪率领屯兵一同攻打岚州；后领兵奋勇冲杀，攻破岢岚军，擒获军使折令图，攻下岚州。不久杀死宪州刺使霍翊，活捉其将马延忠等七人，战功卓著，升任崇仪使。
淳化三年（992年），折御卿经过四次升迁至府州观察使。
淳化五年（994年），折御卿升任永安军节度使。当时契丹一万多人攻掠府州，折御卿率部埋伏在子河汊（今内蒙古东胜区南）一带，这里为辽兵回归必经之路，待辽兵满载而归的时候，宋兵四面出击，大败辽军，人马坠崖谷，死者相枕，此战歼敌五千余人，缴获战马千匹，称号是突厥太尉、司徒、舍利的契丹将领二十多人战死，擒获吐浑一人，主将韩德威仅以身免，大煞辽兵气焰，受到宋太宗嘉奖，赐旗三十杆，以壮军容。
契丹兵败子河汊后，时刻寻机报复。第二年，折御卿积劳成疾，染病在身。党项首领李继迁派间谍告知辽国，引诱其再次入侵，并允诺派兵援助。辽国大将韩德威率大军再次入侵，折御卿带病出征。折御卿病势加重，折母派人要把他接回家养病，折御卿说：“世受国恩，边寇未灭，今大敌当前，我怎能弃士卒而自便，死于军中乃军人本分焉，望母亲不要牵挂，自古忠孝不能两全！”言罢，涕泪纵横，第二天死在军中，年仅38岁，皇帝闻之哀悼痛惜，赠侍中。
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