康熙十三年（1674），陕西提督王辅臣叛应吴三桂，上命扬威将军阿密达自江宁移师讨之，玛尔汉以署骁骑参领从。十四年（1675），与副都统鄂克济哈、穆舒珲等自泾州进兵，屡破垒，斩级数百，攻克宁州。十五年（1676），大将军图海督兵围困平凉，王辅臣投降，玛尔汉还于京师。
图海请求调凉州、宁夏、固原诸镇兵进攻兴安、汉中，康熙命令副都统吴丹及玛尔汉赴诸镇料理徵发，兼询缓急机宜。甘肃提督张勇请求缓师，上命图海固守凤翔、秦州诸要隘，分兵授征南将军穆占下湖广，命玛尔汉从。十七年（1678），授御史。十九年（1680），穆占师进贵州，二十年（1681），师进云南，玛尔汉皆在行间，得功牌十二。云南平，师还，追论征湖南不力援永兴，致损将士，夺功牌九。
二十一年（1682），命巡视河东盐政。御史许承宣、罗秉伦劾山西巡抚图克善令平阳属十三州县增报盐丁加课累民，下巡抚穆尔赛会玛尔汉覈实，请免虚报一万七千馀丁。二十五年（1686），以按治归化城都统固穆德不实，吏议左迁。
二十六年（1687），授理藩院司务。从大学士索额图等使俄罗斯定边界，辞辨明析，俄罗斯人折服。事闻，圣祖嘉其能，寻迁户部郎中。三十三年（1694），迁翰林院侍讲学士，再迁兵部侍郎。三十五年（1696），上亲征噶尔丹，命玛尔汉驻土木董理驿站，以送军马羸，吏议夺官，命宽之。
三十八年（1699），迁左都御史。再迁兵部尚书，充经筵讲官、议政大臣。四十三年（1704），岁饥，流民就食京师。命与内大臣佟国维、纳兰明珠、阿密达等监赈。四十六年（1707），调吏部。四十八年（1709），以老病乞休。五十七年（1718），卒，年八十五。上遣内大臣临奠，赐祭葬。雍正八年，世宗谕奖玛尔汉谨慎忠厚，事圣祖宣力多年，完名引退，赠太子太傅。贤良祠成，命入祀。乾隆元年，高宗命追谥“恭勤”。
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