章孝慈与蒋孝严是蒋经国与章亚若所生的孪生兄弟，他们于抗日战争期间在桂林出生。由于蒋经国已与蒋方良结婚，因此两名私生子跟随母亲的章姓，但名字与蒋经国的其他儿女一样是"孝"字辈。
章亚若于1942年8月过世，两兄弟由章亚若的弟弟章浩若及他的妻子纪琛扶养。舅舅及舅妈在官方文件上登记为两兄弟的生父母，直到2002年12月才更改为真正的生父母。后两兄弟随外婆周锦华移居台湾新竹，两人同时在东吴大学就读。
而后章孝慈在美国南美以美大学获得政治学硕士，在美国杜兰大学取得法学博士。1992年出任东吴大学校长。
1994年11月14日在北京进行学术访问时中风并陷入昏迷，于北京治疗数日后，以飞机经香港转送回台湾治疗。虽然他此后从未清醒，但仍获东吴大学校方保留其校长职务，直至卧病一年多后过逝。
章孝慈与其夫人赵申德有一子一女，章劲松及章友菊。
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