元祜凭借门荫入仕，累迁担任防城都督，镇守信都，授长乡县子，弟弟元孚担任冀州刺史。孝昌三年（527年），抵御葛荣起义军围困一整年。在粮食耗尽，没有援兵的情况下，城破被俘。葛荣感其忠臣，得以免死。
东魏时期，出任使持节、侍中、都督三徐诸军事、镇东将军、徐州刺史，加号卫将军。天平四年（537年9月6日），元祜去世，虚岁五十六，追赠使持节、太傅、司徒公、录尚书事、卫将军、都督冀定沧瀛四州诸军事、冀州刺史，谥号孝穆，安葬于邺城西面、漳河之北的皇家陵墓内。
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