讨伐叛乱

源子恭聪惠好学，最初任司空行参军、司徒祭酒、尚书北主客郎中，摄南主客事。

河州羌却铁忽反叛，杀害长吏，朝廷诏令源子恭持节为行台，率诸将讨伐。源子恭严格监督州郡及诸军，不得侵犯百姓一物，源子恭先与叛军交战，然后以威恩示叛军，两旬间叛军都来投降。朝廷嘉奖源子恭。

正光元年，源子恭为行台左丞，巡行北边，转为起部郎。明堂、辟雍还未修建，源子恭上书表示应当修建，朝廷赞同。源子恭任冠军将军、中散大夫，又领治书侍御史。

秦益地区的氐族反叛，朝廷诏令源子恭持节作为都督、河间王元琛军司前往讨伐。事情平定后，源子恭行南秦州事。等到六镇起义爆发，朝廷任源子恭兼给事黄门侍郎，持节慰劳。源子恭回朝后，任河内太守，加后将军。平绛蜀反叛。丹谷、清廉二路险阻不通，朝廷以源子恭为当阳郡别将。不久，建兴蜀反叛，与正平郡绛蜀向连结相应，朝廷加源子恭为持节、散骑常侍、假平北将军、征建兴太守，仍兼尚书行台，与正平都督长孙稚联合进讨，大破叛军，正平贼帅范明远与贼帅刘牙奴都面缚请降。事情平定后，源子恭任平南将军、豫州刺史，寻加散骑常侍、抚军将军。

击退南梁

武泰初，郢州刺史元愿达以郢州城归降梁武帝萧衍，朝廷征诏都督尉庆宾回朝，让尉庆宾的部众随源子恭讨伐元愿达。梁军将领夏侯夔率众数万来攻。夏侯夔乘势分兵出击，分出一路兵攻新蔡，夏侯夔自攻毛城。源子恭依据情势接应援助，梁军都被击退。南梁豫州刺史夏侯亶又派遣四位军将，率众三万，入围南顿，北攻陈项。源子恭派遣军队抵御，梁军又被击退。朝廷加源子恭镇南将军，又兼尚书行台。源子恭率军渡过淮河，将百姓迁徙到淮北，设立郡县，布置军队戍守而返回。南梁直阁将军、军主胡智达等八将，与其监军阎次洪入侵，屯聚在州城东北四十馀里。源子恭击破他们，斩杀胡智达，生擒阎次洪。

北海王元颢进入洛阳，元颢加源子恭车骑将军，源子恭不敢拒绝，多次派遣使者查看孝庄帝动静。不久，元颢败亡，孝庄帝回到洛阳，加源子恭征南将军、兼右仆射，假车骑将军，后加散骑常侍。板桥蛮文石活、石忌粗受梁武帝萧衍印节，引诱同党，占据险要的地方寇掠。源子恭率军直接进攻其营栅，数日之中，几乎全部消灭贼军。诸蛮都款服，请求交纳税赋。朝廷征召源子恭拜为右光禄大夫、给事黄门侍郎，仍本将军。录源子恭前后征讨的功绩，封临颍县开国侯，食邑六百户，加散骑常侍，不久迁侍中。

交战尔朱

尔朱荣被杀后，尔朱世隆、尔朱度律占据河桥，朝廷诏令源子恭为都督讨伐二人。源子恭率军屯驻在大夏门北。不久太府卿李苗夜烧河桥，尔朱世隆退走，朝廷以源子恭兼尚书仆射、大行台、大都督。寻迁卫将军、假车骑将军，率诸将于太行筑垒以防之。既而尔朱兆率众南出，源子恭的部将史仵龙、羊文义打开栅门投降尔朱兆。源子恭退走，被尔朱兆击败。源子恭的部众都逃散了，尔朱兆进入洛阳。源子恭逃窜缑氏，后来被押送回洛阳，不久被释放。

再平叛乱

前废帝初，源子恭任骠骑将军、左光禄大夫，侍中如故。不久授源子恭散骑侍郎、都督三州诸军事、本将军、假车骑大将军、行台仆射、荆州刺史。源子恭因参与定策之功，封临汝县开国公，食邑三百户。当时蛮人雷乱清被梁武帝萧衍任命为兖州刺史，雷乱清寇掠，诸蛮都跟从雷乱清，置立郡县。源子恭讨平他们。

升迁去世

永熙中，源子恭入朝任吏部尚书，加骠骑大将军。因源子恭以前在豫州的战功，朝廷追赏源子恭襄城县开国男，食邑二百户。又因为源子恭其余的功绩，封源子恭新城县开国子，食邑四百户。源子恭请求朝廷转授第五子源文盛，朝廷允许。天平初，源子恭任中书监。三年，源子恭任魏尹，又任齐献武王高欢的军司。

元象元年，源子恭去世。兴和二年，朝廷赠源子恭都督徐、衮二州诸军事、骠骑大将军、尚书左仆射、司空公、兖州刺史，谥曰文献。

《魏书 卷四十一 列传第二十九》《北史 卷二十八 列传第十六》有记载。