元树在父亲元禧谋反死后，失去宗室属籍，穷困潦倒，缺衣少食，受到彭城王元勰收养接济。长大以后，有美好的容貌，善于谈吐，具备将帅的谋略。孝明帝时期，累迁宗正卿。
天监八年，归顺南梁，受到梁武帝萧衍格外器重，册封邺王，拜员外散骑常侍。多次带兵窥伺北魏边境。当时北魏的扬州向南梁投降，士兵很多，南梁将军湛僧珍担心士兵们改变主意，想要将他们全部杀死，元树因为自己国家的关系，允许士兵都返回。
普通六年，迎接北魏徐州刺史元法僧入朝，迁使持节、督郢司霍三州诸军事、云麾将军、郢州刺史。讨平南蛮，加号散骑常侍、安西将军。
梁大通二年（528年），得知尔朱荣发动河阴之变，弑杀幼帝元钊、胡太后和诸王大臣，向梁武帝请求讨伐尔朱荣。此时，北魏郢州刺史元愿达献出郢州归顺南梁，元树受命迎接元愿达。
中大通二年（530年），担任侍中、镇右将军。中大通四年二月壬寅（532年2月28日），出任使持节、镇北将军、都督北讨诸军事，加鼓吹一部，随从元法僧进攻北魏，攻占了谯城。孝武帝元修即位，下令御史中尉樊子鹄为行台，率领徐州刺史杜德、舍人李昭前往讨伐元树。听从金紫光禄大夫张安期劝说，元树放弃城池回到南方，双方杀马盟约。元树仗着誓约，不做战备。杜德袭击并且擒获元树，押送到洛阳，安置在寺庙中，赐令自杀，虚岁四十八。
孝静帝元善见即位，元树的儿子元贞跟随东魏的使者崔长谦前往邺城安葬元树，魏孝静帝下诏，追赠元树大将军、侍中、都督青徐兖扬豫五州诸军事、太师、司徒公、尚书令、扬州刺史。
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