元恭年幼时端庄谨慎，有志向气度。长大后喜爱学习，侍奉祖母、嫡母以孝顺闻名。正始年间（504年—508年），继承其父广陵王的爵位。延昌年间（512年—515年），被任命为通直散骑常侍。神龟年间（518年—520年），升任兼散骑常侍。正光二年（521年），任正常侍，兼领给事黄门侍郎。元恭因京兆王元叉专擅朝政，就称说有病不任职。过了很久，借机会托称哑病。正光五年（524年），授任金紫光禄大夫，加授散骑常侍。建义元年（528年），授任仪同三司。
元恭不说话，将近八年（《魏书》误作十二年），住在龙花寺，不与入交往。永安末年，有人禀报孝庄帝元子攸，说元恭不说话将有反叛的图谋；民间传言，又说他有天子的气象。元恭畏惧祸患，逃到上洛躲藏，不久被跟踪追击，捉住后送到京城，拘禁了多日，因无罪状得以赦免。永安三年（530年），孝庄帝去世，元晔继位，尔朱世隆等人因元晔在宗室中族属疏远，又不是人们愿望所推举，因元恭沉潜藏匿，有超过常人的器量，打算将要废立，担心他真的不会说话，就派亲信表达意向，而且带有逼迫。元恭于是回答说：“天哪里说话呢？”尔朱世隆等人大喜。 于是废元晔立元恭为帝。
太昌元年（532年），元恭在门下外省逝世，时年三十五岁。出帝元修诏令百官赴会，大鸿胪督察丧事，安葬用王的礼仪，加上九旒的旗帜、皇帝的车驾、黄缯车盖、车衡左边带装饰物的旗帜，仪仗一百二十人，二卫、羽林的预备仪仗卫队。
魏收《魏书》：“少端谨，有志度。长而好学，事祖母、嫡母以孝闻。”
《魏书·卷十一·帝纪第十一》
《北史·卷五·魏本纪第五》
《诗》
朱门久可患，紫极非情玩。
颠覆立可待，一年三易换。
时运正如此，惟有修真观。
《联句诗》
既逢尧舜君。愿上万年寿。
平生好玄默。惭为万国首。
圣主临万机。享世永无穷。
岂唯被丰草。方亦及昆虫。
朝贤既济济。野苗又芃芃。
君臣体鱼水。书轨一华戎。
微臣信庆渥。何以答华嵩。
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