殷穆以谦和恭谨获得人们称道，历任显要官职。后来由五兵尚书之职，担任宋武帝刘裕的相国左长史。
永初元年（420年），宋武帝受禅登基，建立南朝宋政权，殷穆转任散骑常侍，国子祭酒，再任五兵尚书，吴郡太守。
景平二年（424年），宋文帝刘义隆继位，任命殷穆为金紫光禄大夫，兼领竟陵王师。
元嘉四年（427年）六月十八日，宋文帝升任殷穆为护军将军（《宋书·殷穆传》作护军）。
元嘉九年（432年）四月初一日，宋文帝升任殷穆为特进、右光禄大夫，兼领始兴王师。
元嘉十五年（438年）五月二十日，殷穆病逝于官任上，时年六十岁，宋文帝赠其谥号为“元子”。
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