1388年三月，蓝玉率师十五万北进。四月，来到捕鱼儿海(今贝尔湖)附近，距离脱古思帖木儿汗帐不过百余里路程。脱古思帖木儿以为明军与纳哈出作战不久，粮草匮乏，不会深入北方再战，没有作迎敌的准备。而明军前锋奔袭他的大营之时，恰好风沙弥天，几十步外不见人。明朝兵马突然出现，脱古思帖木儿根本不能作有效的抵抗，太尉蛮子仓促上阵，很快战败被杀。脱古思帖木儿带着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃往和林方向。这一次战役，脱古思帖木儿的次子地保奴、嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头，以及大量印章、图书、兵器、车辆，都被明军俘获。

脱古思帖木儿一行逃亡途中，在土剌河遇到也速迭儿。他和太子天保奴一起被也速迭儿杀死，捏怯来、失烈门逃去，南下投降了明朝。

这次的失败使黄金家族——忽必烈家族的大元政权丧失了在蒙古人中至高无上的中央汗国的地位，大多数蒙古部落宣布脱离它而独立。1399年，乞儿吉斯部(分布在叶尼塞河上游沿岸)首领贵力赤，否认残元皇帝额勒伯克的宗主权，于1399年打败并杀死了他，取得了统治各部的霸权。至此，苟延残喘了29年的残元政权灭亡了，合法的元朝皇帝不复存在了，蒙古各部又回到了争夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。 1402年，北元去国号灭亡，改称鞑靼。

纳哈出的归降，使朱元璋大为振奋，1387年九月即军中以永昌侯蓝玉代冯胜为大将军，延平侯唐胜宗、武定侯郭英左右副将军，率师征讨北元蒙古帝国，声言“肃清沙漠在此一举”。1388年三月，蓝玉等率15万人，由大宁进至庆州(今内蒙古巴林左旗西北)，获悉北元益宗皇帝脱古思帖木儿驻捕鱼儿海(今内蒙古呼伦贝尔的贝尔湖)，即由间道兼程而进。4月12日凌晨，明军到达捕鱼儿海南岸饮马，侦知北元益宗帝营在海东北八十余里。蓝玉以王弼为前锋，衔枚卷甲，倍道前进，直薄哈拉哈河畔之蒙古皇帝行宫。时大风扬沙，白昼如晦，北元君臣毫无戒备。太尉蛮子仓惶拒战，败兵被杀。脱古思帖木儿与太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十骑溃围逃走。蓝玉等率精骑追逐千里余，复破元将哈剌章营；都督余通渊曾抵克鲁伦河。北元在军事和经济方面的损失较大。脱古思帖木儿皇帝溃围以后直奔哈拉和林，欲依丞相咬住。当时聚集余部，已及万人，至土拉河遭阿里不哥后裔也速迭儿袭击，众复溃散，偕捏怯来等十六骑遁去。遇丞相咬住、太尉马儿哈咱领三千人来迎，一同往依阔阔帖木儿。阔阔帖木儿在宣光间扩廓帖木儿死后曾出任中书省太师，人马众多。然也速迭儿遣大王火儿忽答孙、王府官孛罗冒雪袭执脱古思帖木儿，用弓弦缢杀了这位益宗皇帝。同时死的，还有太子天保奴。杀死脱古思帖木儿后，孛儿只斤·也速迭儿自称全蒙古大皇帝。孛儿只斤·也速迭儿原牧地偏于岭北西北部，但他已越过和林，在土拉河狙击脱古思帖木儿。其所属佥院安达纳哈出的牧地乃至发展到鄂嫩河、兀古儿札河一带。1389年四月，明置全宁卫，以捏怯来为指挥使，而失烈门似乎受孛儿只斤·也速迭儿的影响，改变初衷，频频称病拒绝接受明廷任命。同年八月，失烈门结塔失海牙率部下袭劫捏怯来，至孛儿只斤·也速迭儿所任命的佥院安达纳哈出的领地杀死捏怯来。失烈门正式归附孛儿只斤·也速迭儿，捏怯来部溃散，为朵颜等卫所招抚。失烈门袭杀捏怯来，阿扎失里受封不久又叛明寇边，背后当然都有孛儿只斤·也速迭儿的影子。孛儿只斤·也速迭儿的势力正日益渗入东部蒙古的关键时刻，他便因病猝死。自1388年10月至1389年10月，孛儿只斤·也速迭儿在位刚好一年，他是元世祖忽必烈大帝亲弟阿里不哥之嫡系后裔，又是之后的北元皇帝卓里克图的父皇。孛儿只斤·也速迭儿到底是什么人呢，我们还要从一百多年前说起：公元1259年，蒙古大皇帝宪宗孛儿只斤·蒙哥率军攻重庆钓鱼城，但城池没有攻下，自己却被城中发射的炮石击伤，加上水土不服，不久就死去了。孛儿只斤·蒙哥的死造成了一连串的后果，正在攻击南宋的忽必烈立刻收兵回去争夺皇位，而他的竞争者就是自己的弟弟阿里布哥。在这场帝位争夺战中，阿里布哥战败，被幽禁而死。忽必烈最终成为了元朝的开国皇帝。忽必烈的胜利延续了上百年，即使在被明军赶出中原之后，他的子孙始终牢牢地把握着北元朝廷至高无上的皇帝之位。而相对于黄金家族的其他子孙而言，却是永远也只能看着一代又一代的皇位落于旁人！但失败者是不会永远失败的，忽必烈的胜利终于在土刺河结束了，结束它的就是也速迭儿。他十分干净利落的杀死了天保奴父子，并夺走了蒙古大皇帝的宝座。