萧子隆少有文才。齐高帝建元元年（479年），封枝江县公，食邑一千五百户。建元四年六月（482年7月14日），进封随郡王，食邑二千户。
齐武帝永明三年（485年），出任辅国将军、南琅邪郡太守、彭城太守。永明四年正月（486年1月22日），改任江州刺史，未就任，即改任持节、督会稽临海东阳新安永嘉五郡、东中郎将、会稽太守。萧子隆善文，娶尚书令王俭之女为妃，齐武帝对王俭称赞萧子隆为“我家东阿（曹植）”。
永明七年三月（489年4月22日），改任中护军。永明八年八月壬辰（490年9月26日），改任使持节、都督荆雍梁宁南北秦六州、镇西将军、荆州刺史。永明十一年（493年），进号征西将军。隆昌元年（494年），权臣西昌侯萧鸾图谋废立，与前镇西咨议参军萧衍合谋。萧子隆性温和，有文才。萧鸾欲征之回朝，恐其不从。萧衍说：“随王虽有美名，其实庸劣，手下没有智谋之士，爪牙只有司马垣历生、武陵太守卞白龙，而且二人唯利是从，若以显职相诱，都会来；您只需要折简，就能召来了随王。”萧鸾从之，任命垣历生为太子左卫率、卞白龙为游击将军，二人果然到任。萧鸾再召萧子隆为侍中、抚军将军，领兵置佐。
延兴元年（494年），改任中军大将军，侍中如故。萧子隆才貌出众，最受萧鸾的忌惮。延兴元年九月癸未（494年10月26日），萧子隆为尚书令萧鸾所杀，时年二十一岁。鄱阳王萧锵也同时被杀。从此，萧鸾开启了屠杀齐高帝、齐武帝皇子的步伐。萧子隆有文集行于世，但隋朝时失传。
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