永明四年(486年)闰正月初一日,萧昭文受封爵位为临汝公 ,食邑一千五百户。萧昭文最初担任辅国将军、济阳太守。
永明十年(492年)正月,萧昭文转任为持节、督南豫州诸军事、南豫州刺史 ,仍任辅国将军。
永明十一年(493年),进号为冠军将军。同年正月二十五日,萧昭文的父亲文惠太子萧长懋去世 ,萧昭文回到都城建康(今江苏南京)。七月三十日,萧昭文的祖父齐武帝萧赜去世,萧昭文的哥哥皇太孙萧昭业即位。十一月初四日,萧昭业任命萧昭文为中军将军,享受领兵以及设置佐史的特权。并进封爵位为新安王 ,食邑两千户。
隆昌元年(494年)闰四月二十四日,萧昭业任命萧昭文为使持节、都督扬南徐二州诸军事、扬州刺史 ,仍任辅国将军。
隆昌元年(494年)七月二十日,辅政大臣尚书令、镇军大将军、西昌侯萧鸾(齐武帝堂弟,萧昭文堂叔祖)发动政变,弑杀萧昭业。七月二十一日,萧鸾以皇太后王宝明名义下诏,追贬萧昭业为郁陵王,并提议立新安王萧昭文为皇帝。 七月二十五日,萧昭文即皇帝位,大赦天下,改年号为延兴。任命萧鸾为骠骑大将军、录尚书事、扬州刺史、宣城郡公,文武官员赏赐官位二等。
延兴元年(494年)十月,进升萧鸾为太傅,领大将军、扬州牧,给予特殊的礼遇,进爵号为宣城王。
萧昭文虽然身居帝位,但朝政大权掌握在萧鸾的手中,萧昭文的起居饮食等事项,统统都要征询萧鸾准许后才可以进行。一次,萧昭文要吃蒸鱼菜,太官令说没有得到萧鸾的命令,竟然不给他吃。
延兴元年(494年)十月初十日,萧鸾以皇太后名义下诏,以萧昭文年幼多病,不明政事,难当重任为由,废黜其皇帝之位,让萧鸾入宫继位,并降封萧昭文为海陵王。
建武元年(494年)十月二十二日,萧鸾即皇帝位 ,是为齐明帝。齐明帝继位后,下诏依照东汉东海王刘彊的旧例,赐给萧昭文各种精美器物,供奉所需物品,每样都要从优丰厚。十一月,齐明帝诈称萧昭文有疾病,多次派遣御医前去看视,最终杀害萧昭文,时年十五岁。萧昭文的葬礼依照东海王刘彊的旧例办理 ,赐谥号为恭王。
谢脁《海陵王昭文墓铭》:“中枢诞圣,膺历受命,于穆二祖,天临海镜。显允世宗,温文著性。三善有声,四国无竞。嗣德方衰,时唯介弟。景祚云及,多难攸启。载驱軨辖,高辟代邸。庶辟欣欣,威仪济济。亦既负扆,言观帝则。正位恭已,临朝渊嘿。虔思宝缔,负荷非克,敬顺天人,高逊明德。西光已谢,东旭又凉。龙纛夕俨,葆挽晨锵。风摇草色,日照松光。春秋非我,晚夜何长。 ”
萧子显《南齐书》:“穆穆海陵,因亡代兴。不先不后,遭命是膺。”
《南齐书·卷三·本纪第三》
《南齐书·卷四·本纪第四》
《南齐书·卷五·本纪第五》
《南齐书·卷六·本纪第六》
《南史·卷五·齐本纪下第五》
《资治通鉴·卷一百三十九》
祖父:齐武帝萧赜。
祖母:武穆皇后裴惠昭。
父亲:文惠太子萧长懋。
嫡母:文安皇后王宝明。
生母:宫人许氏。
长兄:郁林王萧昭业。
三弟:巴陵王萧昭秀。
四弟:桂阳王萧昭粲。
皇后王韶明,太常王慈之女。萧昭文被废后,降封为海陵王妃。