后来被举荐贤良，任定陶县令，升为太原都尉，安定太守。治理州郡有声望，很多人称赞和举荐他。当初，汉哀帝做定陶王时，萧由任定陶县令，违背了定陶王的意思，很快，朝廷罢免萧由为百姓。汉哀帝去世，任复土校尉、京辅左辅都尉，升为江夏太守。因扫平长江上的盗贼成重等人有功，增加俸禄任陈留太守。元始年间，修筑明堂和辟雍，召集诸侯王大举朝会，征召萧由任大鸿胪，恰巧他有病，不能主持礼仪接待宾客，回去任原来的官职，因病免职。后来又任中散大夫，在官任上去世。
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