继承帝位

萧琮生性宽仁，待人大度，风流倜傥，放荡不羁，学识渊博。又善于骑马射箭，令人伏在地上举起贴子，萧琮飞马而射，能十发十中，举贴的人也不感到害怕。萧琮初封东阳王，不久被立为皇太子。 

开皇三年（583年）五月初八日，西梁孝明帝萧岿派太子萧琮出使隋朝，祝贺隋朝迁都长安（今陕西西安）。 

开皇五年（585年）六月，萧岿去世，太子萧琮继位，改年号为广运。隋文帝杨坚赐玺书给萧琮，勉励萧琮，让他要多自我限制，对百姓多施恩惠，以礼治国安邦。 

亡国入隋

同年（585年），萧琮派遣大将军戚昕率领水军偷袭陈朝的公安（地名），没有攻下而回。隋文帝征召萧琮的叔父萧岑入朝，任命为大将军，封怀义公，并将萧岑留在长安不放他回去。又设置江陵总管以便监视萧琮。萧琮所任命的大将军许世武秘密以城池联合陈朝将领荆州刺史、宜黄侯陈慧纪（《隋书》误作陈纪），事情泄露后，萧琮便诛杀许世武。 

开皇七年（587年）八月，隋文帝征召萧琮入朝。萧琮率领群臣百官二百多人由江陵出发，江陵父老百姓没有不流泪的，他们说萧琮将不会回来。八月十八日，萧琮到达长安。 隋文帝因为萧琮等离开西梁，就派遣武乡公崔弘度率军戍守江陵。崔弘度军至鄀州（《资治通鉴》作都州），萧琮的叔父太傅、安平王萧岩，弟弟荆州刺史、义兴王萧瓛等人害怕崔弘度趁机袭取江陵，于八月二十三日派遣都官尚书沈君公向陈慧纪请求投降。九月十八日，陈慧纪率军抵达江陵城下。九月十九日，萧岩、萧瓛等人带领西梁官吏、百姓共十万人投降陈朝。 隋文帝得知此事后，下令废黜西梁政权，派遣尚书左仆射高颎前去聚集安置没有投降陈朝的百姓；并下令给西梁宣帝萧詧、西梁孝明帝萧岿各十户人家守护陵墓；还任命萧琮为上柱国，封爵莒国公。 

深受器重

开皇十四年（594年）闰十月二十三日，隋文帝下诏，由于北齐、西梁、陈朝三国帝室的宗庙祭祀废绝，命令萧琮和原北齐高平王高仁英、原陈朝皇帝陈叔宝三人分别按时负责祭祀，祭祀时所需要的器物，由朝廷有关部门主管官吏供给。 

仁寿四年（604年），隋文帝去世，其子隋炀帝杨广继位。萧琮因为是隋炀帝皇后萧氏（萧皇后）兄弟的缘故，所以特别受到隋炀帝的亲近器重，被任命为内史令，后改封为梁公。萧琮的同高祖父以下的族人，都按才能提拔任用，萧琮的几个兄弟都在朝廷作官。萧琮性情淡泊高雅，不认真处理政务，退朝后只是放纵饮酒而已。内史令杨约与萧琮同居朝班，隋炀帝令杨约向萧琮转达自己告诫勉励的意思，杨约因与萧琮有交情便告诉他。萧琮说：“我如果像以前那样管事，那和你还有什么区别呢？”杨约笑着退出。杨约的兄长杨素，当时担任尚书令，见萧琮把堂妹嫁给钳耳氏，于是对萧琮说：“你是帝王之族，族望名美，为什么把堂妹嫁给钳耳氏？”萧琮回答说：“先前已经把妹子嫁给侯莫陈氏，这还有什么疑问！”杨素说：“钳耳是羌族人，侯莫陈氏是胡虏，怎么能相比！”杨素认为胡虏优而羌人劣。萧琮说：“认为羌人与胡虏有什么不同，先前没有听说过这话。”杨素惭愧得无话可说。 

晚年去世

萧琮虽客居长安，但与北方的富贵之家相比，也没有不如的地方。萧琮曾和上柱国贺若弼交情很深，大业三年（607年），隋炀帝以诽谤朝政诛杀贺若弼。贺若弼死后，民间有童谣说：“萧梁家又要兴盛了。”隋炀帝由此忌恨他，于是废黜萧琮为庶民，不久萧琮去世。隋炀帝追赠他为左光禄大夫。 

义宁二年（618年），萧琮的侄子萧铣称帝，追谥叔父萧琮为孝靖皇帝，庙号惠宗。

萧琮著有文集七卷，已佚。今存诗《奉和御制夜观星示百僚诗》一首，见于《初学记·卷一》，学者逯钦立将其收录在《先秦汉魏晋南北朝诗》；另有文一篇，清代学者严可均将其收录在《全上古三代秦汉三国六朝文》。

魏徵等《隋书》：“性宽仁，有大度，倜傥不羁，博学有文义。兼善弓马” 

《周书·卷四十八·列传第四十》 

《北史·卷九十三·列传第八十一》 

《隋书·卷七十九·列传第四十四》