吴祖垲原配徐慧玉，是他杭高读书时的同学同乡，嘉兴王店人。1937年，吴祖垲上海交大毕业前和徐慧玉完婚，婚后育有三子。1954年，徐慧玉因心脏病病逝于南京。1955年，吴祖垲和上海外贸部职工医院主治大夫杨影波再婚。吴祖垲长子吴宗鑫留学英国，归国后在清华执教，后曾任能源研究院院长；二子吴宗森为美国纽约理工大学博士，在加拿大滑铁卢大学任教；三子吴宗焱赴法留学，在法国邮电学院任教。吴祖垲的弟弟为台湾“纸业大王”、工商界名流吴祖坪。其姻伯父为施承志。
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