南明小朝廷覆灭,左病死九江,他愤而削发人九华山为僧。清顺治七年(1650),随皖南名士汪如谦去杭州。顺治十二年,汪如谦故世,入吴中以歌求食。康熙二年(1663),受太仓王时敏之聘,为其家班授曲。康熙六年,又由吴伟业介绍,到如皋为冒襄家班教曲。苏昆生在水绘园未逗留多久,即往返于金陵、吴中之间,康熙十八年夏病死于无锡惠山僧舍,享年79岁。苏昆生度曲有出神入化之妙,系魏良辅嫡派。王时敏曾曰:“魏良辅遗响当在苏生。”吴伟业亦称其歌唱为“阴阳抗坠,分刊比度,如昆刀之切玉,叩之粟然,非时世所为工也。”陈维崧亦誉之为“南曲当今第一”。苏昆生与复社侯方域等交往甚密,吴绮、陈维崧等均有诗曲称誉。吴传业还为其和柳敬亭并立传。苏昆生弟子有庭柏上人,得其唱法正传的还有太仓顾子惠、施云章等。