袭封王爵

司马覃是晋武帝司马炎之孙，清河康王司马遐长子，初为清河王世子。永康元年（300年），其父司马遐去世，司马覃继承清河王的爵位。

立为太子

太安元年（302年），晋惠帝司马衷的孙子皇太孙司马尚去世，齐武闵王司马冏上表说：“东宫空旷，宗族无人继承。天下大业，帝王之位，必须立太子，来巩固晋室的宏业。如今后宫无人怀孕生育，不可侥幸于未来而使宗族落空中断，这不是祖宗的遗志，国家的长远之计。按照礼法，兄弟之子如同亲子，因此汉成帝刘骜无子，由定陶王刘欣继承；汉和帝刘肇绝后，由汉安帝刘祜延续。这是先王的法典，前代的惯例。清河王司马覃神志俊异，智慧已成，是清河康王司马遐王妃周氏所生，在先帝的众多孙辈之中，算来是嫡孙。往昔薄姬贤明，汉文帝刘恒继位。司马覃外祖父周恢享有德义之名，司马覃应继承皇位，使国运长久，以副天下之望。司马覃兄弟虽都已出继，可以选择美才归返朝廷成为国家的继承之辈，不接替他的太子位置。向大将军司马颖及公卿询问此事，诸位的宏愿相同。请备齐礼仪，选择良日迎拜。”晋惠帝于是同意，于同年五月二十五日立司马覃为皇太子。

屡遭废立

永安元年（304年）二月，河间王司马颙胁迫晋惠帝迁徙，表请晋惠帝立成都王司马颖为皇太弟，废黜司马覃的皇太子之位，仍为清河王。同年七月初三日，晋惠帝恢复司马覃的皇太子之位。八月初三日，张方带兵进入洛阳（今河南洛阳），再度废黜司马覃的皇太子之位。

囚禁遇害

永嘉元年（307年），东海王司马越毒死晋惠帝，立晋怀帝司马炽为帝。晋怀帝继位后，将朝政大事委任于司马越。同年十二月，前北军中候吕雍、度支校尉陈颜等谋划再次拥立司马覃为皇太子，结果事情泄露，司马越担心司马覃最终会成为皇太子，于是假传诏令将他囚禁于金墉城。永嘉二年（308年）二月，司马覃被司马越所杀，时年十四岁，以庶人的礼仪安葬。