封为梁王

司马肜清静修行，恭敬谨慎，没有别的才能。起初以公子的身份，受封为平乐亭侯。五等爵位建立后，司马肜改封为开平县子。泰始元年（265年），司马肜的侄子晋武帝司马炎受禅登基，建立西晋，封司马肜为梁王，食邑五千三百五十八户。等到司马肜前往所封国时，升任北中郎将，督邺城防守事宜。

削减食邑

当时，诸王自选官吏下属，任命上计吏张蕃为中大夫。张蕃本名张雄，为人一向没有好品行。其妻刘氏懂得音乐，是大将军曹爽教授歌伎。张蕃多次往来于何晏家中，恣意奸淫之事。何晏被杀后，张蕃被迁徙到河间，修改名字，主动接交司马肜结交。此事被有司奏报，晋武帝削减司马肜一个县。

历任要职

咸宁年间（275―280年），晋武帝将陈国、汝南郡的南顿县增封为司马肜的附属国。

太康年间（280年―289年），司马肜代替孔洵监豫州军事，加任平东将军，镇守许昌。不久，司马肜以原职代替下邳王司马晃监青州、徐州军事，进号为安东将军。

元康元年（291年）四月十一日，司马肜转任征西将军（一作征西大将军），代替秦王司马柬都督关中诸军事（一作都督关西诸军事），兼任护西戎校尉。不久，加任侍中，进位都督梁州诸军事。同年九月二十一日，司马肜被征召入朝担任卫将军、录尚书事。元康六年（296年）正月，司马肜担任代理太子太保，朝廷授给他士兵一千人、马一百匹。

元康六年（296年）五月，司马肜再度担任征西大将军，代替赵王司马伦镇守关中，都督凉雍二州诸军事（一作都督雍梁二州诸军事），设置左右长史、司马。同年八月，秦州、雍州地区的氐族、羌族起兵反叛西晋，拥立氐族人齐万年为主。十一月二十六日，司马肜兼任西戎校尉，屯兵好畤，并在六陌监督建威将军周处、振威将军卢播等人讨伐齐万年。司马肜一直与周处有矛盾，元康七年（297年）正月初四日，司马肜催促周处进军而断绝他的后援，卢播又不出兵援救周处，致使周处兵败战死。朝廷因此指责司马肜。

元康九年（299年）正月，朝廷军队打败并擒获齐万年，于是征召司马肜入朝担任征西大将军、尚书令、领军将军、录尚书事。

废黜贾后

永康元年（300年）四月初三日，司马肜与司马伦假借晋惠帝司马衷诏命废黜皇后贾南风为平民。四月初七日，诏书任命司马肜为太宰、守尚书令，增加食邑两万户。当时司马伦辅佐朝政，发现星象发生变化，占卜结果说“不利上相”。孙秀害怕司马伦受到灾祸，于是减省司徒为丞相，把这个职位授给司马肜，苟且加以提升，想以此应和星象。有人说：“司马肜没有权利，没有好处。”司马肜因此坚决推辞不接受。

永康二年（301年）正月初九日，司马伦篡位称帝，任命司马肜主持朝政，配给武士一百人，轩悬的乐队十人。永宁元年（301年）四月，司马伦被诛杀。同年六月二十六日，朝廷任命司马肜为太宰，兼任司徒，又代替高密王司马泰担任宗师。

去世议谥

太安元年五月乙酉日（302年6月18日），司马肜去世，丧葬按照汝南文成王司马亮的先例。博士、陈留人蔡克议论谥号说：“司马肜的官位是宰相，责任重大，亲属关系尊贵亲近，况且又是宗师，上被朝廷所敬仰，下为百姓所瞻望。然而在大节面前，没有不可改变的志向；面对危难的事情，不能舍弃生命去追求正义；愍怀太子司马遹被废时，没听到他一句劝谏；淮南王司马允发难时，不能趁势辅助正义；赵王司马伦篡位叛逆，不能抽身离开朝廷。宋国有荡氏的动乱，华元自认为不能身居官位，说：‘君臣的规范，是我所掌管的。公室地位卑微而不能纠正，我的罪大啊！’一个小小的宋国，尚且有无功不受禄的大臣。何况帝王的朝廷，而有苟且容身的宰相，这要是不贬损，怎么施行法治呢！谨案缢法‘不勤政而成名叫做灵’，司马肜见到正义的事不去做，不能说是勤，应取谥号为灵。”

梁国常侍孙霖以及司马肜的亲信党羽声称冤屈，官署于是下公文说：“贾氏专权，赵王司马伦篡位叛逆，都以威力控制朝廷内外，司马肜在那种形势下不能离开，而指责他不能抽身离开朝廷，根据的是什么义理呢？”

蔡克重新议论说：“司马肜是宗室大臣，然而国家动乱不能匡正。君主被颠覆不能扶助，做宰相不该是这样的。因此《春秋》讥讽华元乐举，说他们不像大臣。再说贾氏的酷虐暴烈，不比吕后更厉害，而王陵仍得以闭门不出；赵王司马伦的无道，不比殷纣王更严重，而微子还能够离去。近代的有太尉陈准，是外姓的人，由于兄弟陈徽曾因背叛司马伦而结有旧仇，也得以声称有病，不入伪朝廷。何况司马肜是司马伦的亲兄长，却偏偏无法离去呢？赵盾入朝劝谏不被采纳，出外逃亡没有走远，尚且不能免于罪责，何况司马肜不能辞去官位，面朝北事奉伪君主呢？应该按照先前的议论，对他加以贬损责难，来推广为臣的节操，明确事奉国君的道理。”于是朝廷依从蔡克的议论，为司马肜上谥号为灵。后来，司马肜过去的下属不断地追诉，因此又改谥号为孝。

指衣清廉

司马肜曾经大会宾客，对参军王铨说：“我堂兄任尚书令，不能吞食权利。权利是很难得的。”王铨说：“公在这里独吞大权，尚且难啊。”司马肜说：“长史中谁最有权？”王铨回答说：“是卢播。”司马肜说：“他是家臣，不要提他。”王铨说：“天下都是家臣，恐怕王法就不能再推行了。”司马肜又说：“我在长安，哪样事做得不好！”于是指着单衣补幰表示自己清廉。王铨回答说：“朝廷内外指望公举荐贤才，使不仁的人远离朝廷。而您位居三公辅相，因为单衣补幰，就把这当作清廉，不值得称道。”司马肜出现惭愧的神色。

王铨：朝野望公举荐贤才，使不仁者远。而位居公辅，以衣补幰，以此为清，无足称也。

蔡克：司马肜位为宰相，责深任重，属尊亲近，且为宗师，朝所仰望，下所具瞻。

房玄龄：清修恭慎，无他才能。

蔡东藩：若夫梁王肜之挟怨陷人，自坏长城，误处之罪尚小，误晋之罪实大。晋室诸王，除琅琊扶风及齐王攸外，类多失德，此所以相与沦胥也。

《晋书·卷四·帝纪第四》

《晋书·卷三十八·列传第八》