司马遵之父司马晞因有军事才干，故受大司马桓温所忌，咸安元年（371年）桓温诬其谋反。晋简文帝逼于无奈，废其为庶人，流放到新安郡。
司马晞于太元六年（381年）去世，时桓温已死，晋孝武帝追封他为新宁郡王。因司马晞长子已去世，次子出继梁王司马翘，因此由三子司马遵承袭爵位。当时司马遵哭着受爵，感动左右。太元十二年（387年），晋孝武帝恢复武陵王爵位。
司马遵历任散骑常侍、秘书监、太常、中领军。桓玄专权时又以他为金紫光禄大夫。元兴二年（403年），桓玄篡位建立桓楚政权，司马遵被贬为彭泽县侯。
次年刘裕率义兵攻下建康（今江苏南京），并声称受晋安帝密诏，以司马遵承制总百官，加侍中、大将军。义熙元年（405年），晋安帝回建康复位，以司马遵为太保，加班剑武士二十人。
义熙四年（408年），司马遵去世，享年三十五岁，朝廷追赠太傅，谥忠敬，赠以殊礼。子司马季度袭爵。
司马遵年少时就已很聪慧，其父因桓温被贬，司马遵虽然在事后才出生，但他知道原委后很憎恨桓氏人物。一次，出身谯国铚县桓氏的桓伊去拜谒司马遵，司马遵听到通报后就说：“守门的为何为姓桓的通传？”身边的人说：“桓伊和桓温（出身谯国龙亢）疏远，见面并没所谓。”司马遵却说：“我听见有人的姓是木字偏旁就想杀了他，何况一众姓桓的？”
房玄龄等《晋书》：“少称聪慧。”
《晋书》司马遵传：忠敬王遵，字茂远。初袭封新宁，时年十二，受拜流涕，哀感左右。右将军桓伊尝诣遵，遵曰：“门何为通桓氏？”左右曰：“伊与桓温疏宗，相见无嫌。”遵曰：“我闻人姓木边，便欲杀之，况诸桓乎！”由是少称聪慧。及晞追复封武陵王，以遵嗣，历位散骑常侍、秘书监、太常、中领军。桓玄用事，拜金紫光禄大夫。玄篡，贬为彭泽侯，遣之国。行次石头，夜涛水入淮，船破，未得发。会义旗兴，复还国第。朝廷称受密诏，使遵总摄万机，加侍中、大将军，移入东宫，内外毕敬。迁转百官，称制书；又教称令书。安帝反正，更拜太保，加班剑二十人。义熙四年薨，时年三十五，诏赐东园温明神器，朝服一具，衣一袭，钱百万，布千匹，策赠太传，葬加殊礼。子定王季度立，拜散骑侍郎。薨，子球之立。宋兴，国除。
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