讨灭王恭

隆安元年（397年），青兖二州刺史王恭以讨伐王国宝之名起兵，成功逼使司马道子赐死王国宝并处死王绪。

当时司马元显十六岁，担任侍中，很厌恶王恭，劝说父亲司马道子讨灭他。司马道子于是以司马元显为征虏将军，并将自己原卫将军府（曾纳入骠骑将军府）和徐州刺史府属僚拨给司马元显。 

隆安二年（398年），王恭以讨伐司马道子心腹谯王司马尚之的借口再度举兵，更联同了荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄、豫州刺史庾楷。面对如此情形，司马元显力主司马道子讨伐，但司马道子没有对策，不知所为，只得终日喝酒，将讨伐之事都交托给司马元显。司马元显虽然年轻，但聪明且多所涉猎，果断敏锐，以社稷安危为已任，连与他一起开会讨论的人都称他有晋明帝神武之风。司马元显于是受命为征讨都督、假节，统率王珣、谢琰等对抗王恭，司马尚之亦参战。 

起初司马尚之击败了庾楷，但荆州来赴的桓玄及后却大败司马尚之等人，并且进军石头城。司马元显于是从竹里撤还建康，并率王恺、桓放之、温详等守戍石头城抵抗桓玄等，又以王珣和谢琰分戍北郊及宣阳门守备。另一方面，司马元显得知王恭部下北府军将领刘牢之对王恭甚为忿恨，于是派了庐江太守高素去游说他叛离王恭，并许诺事成后以刘牢之接任王恭之位。刘牢之最终归降朝廷，并倒戈进攻王恭，致使王恭兵败被擒，再押解京城处死了他。 

王恭死后，殷仲堪等荆州军团退守寻阳，拒绝接受朝廷任命。由于朝廷不知荆州军团的虚实，于是司马元显仍以严兵相拒，情势紧张，内外忧惧。司马道子命司马元显领甲杖百人入殿防卫。不久，加司马元显散骑常侍、中书令，兼领中领军，持节、都督如故。同年殷仲堪终接受朝廷安抚，各还其州，危机才得以解决。 

夺权执政

隆安三年（399年），司马道子患病，同时亦沉溺饮酒，每天都在酒醉中。司马元显知道父亲的声望已不再，于是暗示朝廷解除其司徒及扬州刺史职务，并自任扬州刺史。司马道子知道后大怒但不能作什么。司马元显自以年轻，不想短时间内接受父亲两项重要职位，于是以琅邪王司马德文为司徒。同时司马元显信任庐江太守张法顺，以其为谋主，又树立自己的党羽，桓谦以下的门阀权贵子弟都与其交往。 

紊乱朝纲

司马元显当时为增加兵源，于是下令三吴各公卿以下，原为官奴而被门阀转为荫客的人移置建康，号称为“乐属”，但惹来当地门第士族的不满。 

孙恩就正值当时三吴民心不稳，于是自海岛进攻上虞，及后更攻陷会稽，三吴八郡皆响应孙恩。面对如此局面，朝廷内外戒严，司马元显以中军将军讨伐孙恩，并命谢琰率兵讨伐。不久谢琰与刘牢之暂时击退孙恩，八郡稍为安定，加司马元显录尚书事。当时司马道子父子皆录尚书事，但司马道子已经将朝政都交了给司马元显处理，于是住西府的司马元显被称“西录”，每天拜访的人众多，门庭若市；而称“东录”的司马道子府则门可罗雀。但司马元显并无良师益友，亲信都好阿谀奉承的奸佞小人，都称他为一时英杰、风流名士。司马元显于是渐渐变得骄傲豪侈，更暗示礼官建立礼仪，以自己德高望重且总掌国事，应该受最大的恭敬。接着公卿以下见司马元显都下拜，其生母刘氏更获加号会稽王夫人，赐金章紫绶。而当时因为战事频生，国库虚耗枯竭，但司马元显聚敛钱财，比皇室还富有。 

隆安四年（400年），孙恩再度从海岛进攻，驻守会稽的徐州刺史谢琰战死，司马元显于是求领徐州刺史，加侍中、后将军、开府仪同三司、都督扬豫徐兖青幽冀并荆江司雍梁益交广十六州诸军事。同年十二月戊寅日，有彗星出现在天津，司马元显以此解录尚书事，但又加授尚书令。当时吏部尚书车胤不满司马元显骄傲放纵，于是去见司马道子，请他禁抑司马元显。司马元显知道后就去问司马道子究竟和车胤说了什么，但司马道子不答。司马元显一直追问，司马道子于是怒道：“你想幽禁我，不让我和朝士见面！”司马元显认为车胤离间其父子，于是暗中派人谴责车胤，车胤吓得自杀。 

轻率讨玄

隆安五年（401年），孙恩再度进攻，被刘牢之击退后沿海北上，进逼京口，司马元显以栅阻断孙恩水军过石头城，又率兵拒战，但屡战不利，建康危急，只因北府军将领刘裕击败孙恩，最终令孙恩北走江北才解决危机。不过同时，荆州刺史桓玄借孙恩威胁京师的机会，声言率兵讨伐。司马元显在孙恩军退后就下诏书阻止桓玄，桓玄唯有罢兵。不过司马元显对桓玄十分畏惧，张法顺亦劝司马元显出兵消灭桓玄。司马元显于是派张法顺到京口联结刘牢之，但刘牢之有迟疑之色。张法顺回去后就认为刘牢之有貮心，建议司马元显杀了他。司马元显拒绝。 

元兴元年（402年）正月，司马元显升骠骑大将军、征讨大都督，都督十八州诸军事，加侍中、黄钺、班剑二十人，并下诏讨伐桓玄，命刘牢之为前锋都督。当时张法顺建议司马元显逼刘牢之杀桓谦以示其忠心，亦可除了桓谦这个桓玄耳目，但司马元显认为没有刘牢之就不可能打败桓玄，而且若刘牢之不肯，战前诛杀大将不利人心，认为不可取，于是拒绝。不过当时司马元显有意尽诛诸桓，只因桓脩舅王诞劝阻司马元显才没成事。司马元显亦决定以桓谦代桓玄为荆州刺史，以其父桓冲在荆州的名望博取荆州人支持。 

司马元显的大军将出发时，桓玄从兄骠骑长史桓石生派使者飞马告知桓玄，桓玄便决定顺江抵抗，更传檄京师，列举司马元显罪状。二月丙午日，晋安帝在西池为司马元显饯行，及后司马元显就登船准备出发，但却迟迟未发。桓玄到寻阳时仍未见朝廷军队，于是十分高兴，士气上升。而原先答应当内应的庾楷被桓玄发现图谋，被囚禁，而朝廷亦派了齐王司马柔之以驺虞幡命桓玄罢军，但被桓玄前锋所杀。二月丁卯日，桓玄至姑孰，派军击败并俘虏司马尚之，司马休之弃城逃走。前锋都督刘牢之却怕击败桓玄后会不容于司马元显，竟想借桓玄除去司马元显后再伺机消灭桓玄，所以一直不肯出军。而刘牢之亦因司马元显日夜酒醉而未得见，安帝饯行时亦未见司马元显对其礼待重视，所以于三月就投降了桓玄。 

兵败被杀

时桓玄逼近建康，司马元显才打算出发，但听到桓玄已到新亭后弃船，退屯于国子学堂。在宣阳门外列阵，但军中有言桓玄已到，司马元显于是打算领兵回宫城，但桓玄军队中有人拔刀从后大叫：“放仗！”司马元显军队自溃，司马元显僚属皆已散走，唯张法顺伴随。司马元显入相府向司马道子问计，但司马道子只能对其哭泣。桓玄随后派毛泰收捕司马元显，并缚他于舫前数落他，司马元显只得说：“是被王诞、张法顺误了。” 

桓玄入京执掌朝政，将司马元显交付廷尉，于是杀害了司马元显及其六个儿子，司马尚之、庾楷、张法顺、毛泰等皆被处死。紧接着桓玄又指使御史杜竹林以毒酒害死其父司马道子。 

元兴三年（404年），刘裕举义兵击败桓玄，大将军、武陵王司马遵承制追赠太尉，赐谥为忠。