司马文思性凶暴，每违轨度，多杀无辜。爱好田猎，烧人坟墓，数为有司所纠，遂与群小谋逆。太尉刘裕闻之，诛其党与，送文思于父司马休之，令自训厉。遣使王良诣阙上书，请军讨伐刘裕。诏司徒长孙嵩率诸军邀击刘裕，战于畔城，更有负捷。父亲荆州刺史司马休之上书请罪，朝廷温言抚慰，仍同怨望称兵，为太尉刘裕所败，投奔后秦。宋王刘裕灭亡后秦姚泓，随父荆州刺史司马休之、章武王之子司马国璠和司马道赐、辅国将军温楷、竟陵内史鲁轨、荆州治中韩延之和殷约、平西参军桓谧、桓璲及桓道子、勃海刁雍、陈郡袁式等数百人来降投北魏，以为廷尉卿，善于其职，听讼断狱，百姓不复匿其情。举报淮南公司马国璠、池阳子司马道赐谋反。
世祖拓跋焘即位，赐爵郁林郡公。刘义隆遣将裴方明击杨难当于仇池，迁假节、征南大将军，进爵谯王，督洛豫诸军南趣襄阳，邀其归路。还京，拜为镇北将军、怀朔镇都大将。兴安初年，薨于任上。
初仕东晋，少时凶暴，爱好田猎，出嗣谯忠王司马尚之。不满太尉刘裕专政，随父割据荆州反叛，兵败归顺北魏，累授廷尉卿，告发淮南公司马国璠谋反，封为郁林郡公。授征南大将军，截击宋将裴方明，晋封谯郡王，还为怀朔镇都大将。
文成帝兴安初年，卒于朔州。
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