封王为将

司马尚之初任秘书郎，后迁散骑侍郎。太元十三年（388年）父亲司马恬以兖青二州刺史出镇京口，司马尚之迁振威将军、广陵相。太元十五年（390年）父亲去世，司马尚之袭封谯王，并离职服丧。 

王恭举兵

服丧后，司马尚之任骠骑将军、会稽王司马道子的咨议参军。隆安元年（397年），青兖二州刺史王恭举兵讨伐掌政的司马道子宠臣王国宝，司马道子不能抵抗，被逼诛杀王国宝以求平息事件。当时散骑侍郎刘镇之、彭城内史刘涓子等人皆因是王国宝党羽而被收捕，将被处死，司马尚之认为刑狱不能牵连太广，劝司马道子释放他们。司马道子听从。

而当时王恭因为逼司马道子杀王国宝而威震全国，令司马道子十分畏惧，以司马尚之有才能，于是以其为心腹，并且常常与司马尚之策谋和议论。而当时司马尚之就劝司马道子多树心腹至方镇以作外藩，司马道子于是就于隆安二年（398年）以其司马王愉为江州刺史，并割豫州刺史庾楷本督的四郡改由王愉都督。庾楷本来亦是支持司马道子的，但他对此变动感到不满，上疏反对却不被接纳，于是愤而劝王恭讨伐司马尚之。

在庾楷的策动下，庾楷、王恭、荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄及南郡相杨佺期于隆安二年（398年）七月以讨伐司马尚之兄弟及王愉为名起兵。九月，司马道子委军事予儿子司马元显，以其为征讨都督，统领司马尚之、王珣和谢琰等人抵抗。司马尚之于是领兵进攻庾楷，先于慈湖击败庾楷将段方，后更在牛渚大败庾楷，令庾楷逃奔桓玄。及后司马道子便以司马尚之为建威将军、豫州刺史、假节镇历阳，代替庾楷。不过，桓玄与杨佺期率军从荆州到来，在白石大败朝廷军队，并进攻至横江，司马尚之唯有撤退。不过随着王恭因部将刘牢之背叛而兵败被杀，桓玄、杨佺期及殷仲堪三人亦后撤，反在寻阳结盟自保，不久更接受朝廷下诏安抚，返回驻地，建康危机得以解除。司马尚亦获升为前将军，而他与其他三个弟弟都获司马道子任命要职，各拥军队，以倚仗为援。 

直言宗室

隆安三年（399年），司马元显趁机夺去父亲司马道子的权力，成为东晋朝廷的决策者，而且以张法顺为谋主，其宠信张法顺更让他在宴会上与自己平起平坐。司马尚之见此，于是严肃的向司马元显指责张法顺没有才能，不值得受提拔宠异，更斥命张法顺退下。此举令司马元显十分不满，后来司马元显借故命豫州分二千兵予他所掌握的扬州，但司马尚之以豫州时有外寇，兵力只有数千，仍不够守戍，没有可分之兵为由拒绝，更令司马元显大怒。只是当时司马元显有意讨伐桓玄才没有再作行动。 

助解京危

隆安五年（401年），叛民领袖孙恩大军逼近建康，朝廷内外戒严，并征司马尚之入卫建康。司马尚之于是率精兵前赴，屯于积弩堂。当时孙恩刚大败于刘裕，重整军队后试图掩袭建康，但当知道司马尚之已到建康且刘牢之也回军，不敢进攻，于是撤退。建康危机又再解除。 

兵败遇害

元兴元年（402年）正月，司马元显正式下诏讨伐桓玄，以刘牢之为前锋都督，司马尚之继后，而桓玄则顺江东下迎击。桓玄一直过了寻阳都没遇上朝廷军队，到姑孰后就派冯该进攻历阳，拦阻洞浦并焚毁司马尚之的船舰。司马尚之于是率九千兵布阵于浦上，又派武都太守杨秋驻横江。不过，杨秋却投降桓玄，司马尚之军队于是自溃，司马尚之唯有逃到涂中。十多日后，司马尚之因被人告发行踪而被桓玄所捕，桓玄入建康掌握朝政后就杀害司马尚之等人。

元兴三年（404年），晋安帝经历过桓玄篡位而复位后，追赠司马尚之卫将军，谥为忠王。 

王韶之《续晋安帝纪》曰：豫州刺史司马尚之，为桓玄将冯该所攻，仓储稍竭，或曰："战士多饥，悉未付食。"是时，芦笋时也，尚掷旮笋曰："且啖此，足解三日。"将士离心，遂败。