南怀仁在华期间，撰写了多部宗教类书籍，宣扬天主教教义、教规和宗教仪式等。主要有：
《教要序论》一卷（1670），分目六十二篇，以浅显明白的文字概述天主教，是南怀仁宗教作品中最重要的一本，多次刊刻重印，直到1930年代仍有刊印，并有方言版、法文、满文、日文译本。
《善亚报略论》一卷（1670），共八章，以问答体裁解释人世的善恶赏罚问题。
《告解原义》一卷（1673）,解释有关告解的性质与重要性等。
《圣体答疑》一卷（1673），解答关于圣餐的问题。
《道学家传》一卷（1686）,关于天主教的史实，以及来华传教士的名录、传略。
此外，他还撰著了《天主教丧礼问答》；与利类思合作编撰了《圣教日课》。
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