南燕疆域初在前燕，封北海王。建熙十一年（370年），前秦苻坚攻破邺城，前燕灭亡，以慕容纳为广武太守，数年后去官。后来迁居于张掖郡（今甘肃省张掖市）。其弟慕容德随从苻坚攻打东晋，留下金刀后，拜别母亲公孙氏而去。
前秦建元十九年（383年），淝水之战，前秦败北，导致国家分崩离析。不久，慕容纳和慕容德的兄长慕容垂趁机起兵山东，坑杀苻飞龙，建立后燕；慕容俊之子慕容泓杀害苻睿，建立西燕。于是，张掖太守苻昌杀死慕容纳及慕容德诸子。慕容纳之母公孙氏因年老而免死，慕容纳之妻段氏正好怀孕，暂不执行死刑，羁押于狱中。有个叫呼延平的狱卒，是慕容德以前的下属，慕容德曾免其死罪，对其有恩。因此，呼延平帮助公孙氏及段氏逃至羌地，段氏在西羌生下慕容纳的遗腹子慕容超。南燕建平六年（405年），慕容德去世后，慕容超正式即位，改元太上。太上三年（407年），慕容超追尊其父慕容纳为穆皇帝，立其母为段氏为皇太后，妻为呼延皇后。
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