十七岁时，考中举人，两次参加会试落榜，进入太学学习。
弘治十八年（1505），考中进士，改庶吉士。
正德二年（1507），授户部给事中
正德六年（1511），充会试同考官。历任大名府知府。
正德十年（1515），升任浙江按察副使，兵备温州、处州。历任山西提学副使、山西参政。
嘉靖二年（1523），升任浙江右布政使。宦官张志聪、吴勋在杭州不法，被马卿与杭州知府查仲道惩治，反被诬告，被打入诏狱，贬官鹤庆知府。
嘉靖七年（1528），历任云南参政、云南按察使。历任福建右布政使、南京太仆寺卿。丁外艰。
嘉靖十六年（1537），服除，起任光禄寺卿。升任右副都御史、漕运总督、凤阳巡抚。五十八岁时去世。
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