尊为太后

李太后画像入裕王府，侍奉裕王朱载坖。

嘉靖四十二年（1563年），李氏为朱载坖生下皇子朱翊钧。

朱载坖即位，是为明穆宗。

朱翊钧即位，是为明神宗，为母亲李氏上尊号为慈圣皇太后。按照旧制，皇帝即位，尊嫡母皇后为皇太后，若有生母称太后的，则为嫡母加上徽号，而生母则无徽号，以示两宫区别。当时，太监冯保想讨好李氏，因此以并尊两太后为名，暗示大学士张居正交付廷臣商议，尊明穆宗皇后陈氏为仁圣皇太后，尊李氏为慈圣皇太后，李氏与陈氏两人便开始没有区别。陈太后住在慈庆宫，李太后住在慈宁宫。张居正请求李太后看护明神宗的起居，于是迁居乾清宫。

严格教帝

李太后管教明神宗相当严格。明神宗有时不愿读书，李太后便马上将他召来，让他长时间罚跪。每次明神宗在经筵听儒臣讲授完毕，李太后总是让明神宗在她面前模仿讲臣复述所讲内容。凡到上朝之日，李太后五更时就来到明神宗的住处，招呼道：“皇上应该起来了。”下令左右扶明神宗起来坐下，取水为他洗脸，然后领着明神宗乘车而出。明神宗侍奉李太后惟命恭谨，而那些奉李太后之旨的宦官们，往往对他过分挟持管束。有一次，明神宗在西城曲宴上喝多了酒，命内侍唱新曲给他听，内侍推辞说不会，明神宗便取剑要杀内侍，幸亏左右加以劝解，才取笑割去内侍的头发。第二天，李太后听说此事，传话给张居正，让他上疏切谏，并令他为明神宗起草罪己御札。又将明神宗召来罚跪，一一列举他的过错，明神宗哭着请求以后改过才算了结。

崇信佛教

慈圣李太后以皇家旨意崇佛的起点，可溯至万历登基初，施铸皇姑寺大钟时。此后内宫建冥祗于慈寿、求储五台山，以及皇长子出生，皇太后与僧侣互动日渐频繁。直至万历十四年（1586），争国本起，慈圣之于佛教，有了更现实的意义。慈圣制造了一段有趣的“祥瑞”事件，太后所居之内宫，秋日出现“瑞莲”，此事《神宗实录》具载之：“七月庚子，上以慈宁宫所产瑞莲花，宣示四辅臣，命各题咏以进。壬寅，以恭题瑞莲图，赐辅臣银币有差；是日复颁示辅臣瑞莲一支。”李太后因此被奉为九莲菩萨，神宗晚年，曾为顺应亡母李太后菩萨之尊号，曾颁布过两部经书：《佛说大慈至圣九莲菩萨化身度世尊经》与《太上老君说自在天仙九莲至圣应化度世真经》。

加尊去世

万历六年（1578年），明神宗大婚，李太后将返回慈宁宫，她嘱咐张居正道：“我不能再早晚照护皇上了，先生亲受先帝的托付，望每天早晚都能对皇上有所教诲，不负先帝对你的信赖。”同年三月，加上尊号为宣文。万历十年（1582年），加上尊号明肃。万历十二年（1584年），李太后与陈太后一起拜谒天寿山陵园。万历二十九年（1601年），再加李太后尊号贞寿端献。万历三十四年（1606年），又加上尊号恭熹。万历四十二年（1614年）二月，李太后去世，享年六十九岁，被上尊谥号为孝定贞纯钦仁端肃弼天祚圣皇后，合葬于昭陵，另在崇先殿祭祀。